El cultivo de pitahaya (Hylocereus spp.), en México y otros países, es muy promisorio debido a la aceptación de su fruto y su resistencia a la sequía. Sin embargo, sus incipientes plantaciones enfrentan varios problemas, entre otros la heterogeneidad genética y la escasa proporción de frutos desarrollados respecto al total de flores producidas por algunos genotipos. Conocer la biodiversidad de un recurso vegetal permite elegir estrategias para su mejor aprovechamiento. Por tal motivo, el propósito de este trabajo fue la caracterización morfológica y la evaluación de la compatibilidad sexual de cinco genotipos (1, 3, 4, 5 y 6) cultivados en el sur de Quintana Roo, México. La caracterización morfológica se realizó con variables cuantitativas (i. e., longitud y diámetro) de la flor, el fruto, el tallo, las semillas y el polen; y el color del pericarpio (variable cualitativa). La compatibilidad sexual se evaluó mediante autopolinizaciones. Los genotipos se diferenciaron principalmente por las características de sus estructuras reproductivas. Con base en análisis de varianza, de conglomerados y de componentes principales, se determinó que los genotipos 1, 3 y 6 reúnen características semejantes en sus estructuras reproductivas, mientras que los genotipos 5 y 4 presentan más diferencias. Los genotipos 1 y 5 fueron autocompatibles y tienen mayor potencial para la región por las características de sus frutos.
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