El agua subterránea es una parte esencial del ciclo hidrológico. Se la caracteriza por su largo tiempo de renovación, ubicuidad y pequeña variabilidad. Es necesario considerar que tanto su flujo, como sus características químicas y sus propiedades se desarrollan en su contexto de tres dimensiones. La estabilidad del flujo del agua subterránea y sus poco variables características químicas juegan un papel esencial en los procesos geológicos y biológicos, que de ese modo tienen un papel importante en el mantenimiento del caudal de los manantiales y de base de los ríos, y en humedales, comunidades de freatofitas y bosques en galería. También son propiedades importantes que favorecen la explotación del agua subterránea. La explotación del agua subterránea supone modificar el modo de flujo, lo que puede comportar un descenso freático, disminución de caudales y cambios químicos, además de subsidencia del terreno en algunos casos. Todo esto modifica las condiciones ambientales, con disminución de flujos, reducción de la extensión de masas de freatofitas, desecación de humedales y cambios biológicos en relación con las modificaciones químicas. Pero estos cambios aparecen con gran retraso y lentamente. Así resulta que las relaciones causa-efecto no siempre resultan evidentes. Los impactos negativos de la explotación del agua subterránea se deben comparar con los beneficios que se derivan de su explotación y con los impactos de otras alternativas. Esto incluye la consideración de la posible corrección de estos efectos muy diferidos, y su coste. La salinización y la contaminación de acuíferos es un aspecto ambiental importante a tener en cuenta, ya que el agua subterránea antes o después aparecerá en el ambiente, transportando con ella los contaminantes y sus productos finales, de forma compleja
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