El efecto de los contaminantes ambientales sobre los organismos puede ser controlado de diferentes modos y a distintos niveles. La exposición a genotóxicos de tipo químico determina la formación de uniones de tipo covalente entre los genotóxicos y el DNA y ello, puede causar mutaciones y cambios citogenéticos. Los efectos primarios sobre el DNA (por ejemplo formación de acercamientos) pueden ser controlados usando ELISA o HPLC después de marcar con 22P. Los efectos secundarios sobre el DNA (daño citogenético, mutación) pueden ser controlados empleando una variedad de ensayos con biomarcadores capaces de detectar la rotura de los extremos del DNA (por ejemplo mediante ensayos de desenrollado alcalino o el ensayo Comet), síntesis de DNA no catalogada, micronúcleos, aberraciones cromosómicas, cambios entre cromátidas hermanas y cambios genotipicos y fenotipicos debidos a mutaciones. La sensibilidad y especificidad de esos ensayos es variable. Recientes avances en biología molecular tales como la identificación mediante el DNA y amplificación de genes mediante (PCR) ofrecen nuevas posibilidades para detectar deterioros del DNA. Se ha investigado, si un ensayo con un marcador alternativo usando identificación con DNA mediante PCIR arbitrariamente primado, puede mostrar diferencias en las improntas DNA de individuos animales expuestos en el laboratorio al benzo(a) pireno y de animales de áreas control y áreas contaminadas. Los resultados indican que la identificación de DNA mediante AP-PCR ofrece un útil ensayo de biomarcaje alternativo para detectar los efectos genotóxicos de los contaminantes ambientales
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