El objetivo de la medicación intraconducto consiste en reducir la cantidad de bacterias y de sus toxinas en las estructuras endodónticas, puesto que la preparación e irrigación de los conductos radiculares no es suficiente paralograr dicho fin. En general, se recomiienda un tratamiento de 1 a 2 semanas con una pasta de hidróxido de calcio, ya que este medicamento es eficaz contra la mayoria de los microorganismos relevantes. En caso de periodontitis apical resistente al tratamiento y en casos de revisión se recomienda la administración de clorhexidina en gel para eliminar gérmenes problemáticos, como por ejemplo enterococos, levaduras y hongos, pues estos microorganismos muestran una alta resistencia al hidróxido de calcio. El tratamiento con medicamentos que contengan clorofenol ha quedado obsoleto debido a la citotoxicidad de esa sustancia y a que su efecto antibacteriano sólo se manifiesta a corto plazo. El uso de preparados compuestos por corticoesteroides y antibióticos esta indicado únicamente en casos excepcionales en los que exista un dolor intenso, pues su efecto antibacteriano es cuestionable y la inmunosupresión que provoca puede influir negativamente en la curación de la región periapical.
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