O Cryptosporidium spp. e a Giardia sp. são atualmente reconhecidos como os principais patógenos entéricos com potencial zoonótico. O presente estudo visou estabelecer a prevalência desses protozoários em eqüinos hospedados no Jockey Club de Santa Maria, RS, Brasil, no período de 19 de maio a 30 de junho de 2007. Foram coletadas amostras de fezes, diretamente da ampola retal, de 64 animais. As amostras de fezes foram processadas por meio do método de centrifugação-flutuação de Faust modificado. Posteriormente essas amostras foram visualizadas ao microscópio óptico para a pesquisa de cistos e oocistos. Os resultados encontrados revelaram a presença de Cryptosporidium spp. em 75% (48/64) das amostras. Cistos de Giardia sp. não foram encontrados nas amostras de fezes analisadas. A freqüência de Cryptosporidium spp. nas diferentes faixas etárias foi de 83,3% (15/18) nos potros até dois anos de idade, 71% (22/31) nos jovens entre dois e cinco anos e 80% (12/15) nos adultos. Os resultados demonstram que o Cryptosporidium spp. está amplamente disseminado na população de eqüinos do Jockey Club de Santa Maria e pode representar uma fonte de infecção significativa para a população da região
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