A lo largo de la historia, las distintas especies del ge´nero Entamoeba se han descrito atendiendo a una serie de criterios que no siempre se han aplicado de forma coherente, lo que ha dado lugar a una taxonomi´a un tanto confusa y discutida. Hay dos factores que condicionan estos criterios, el primero es la limitacio´n en el nu´mero de caracteres morfolo´gicos u´tiles para estudios taxono´micos y el segundo que poseen exclusivamente reproduccio´n asexual. La incorporacio´n como criterios diferenciales y diagno´sticos de los datos procedentes de las te´cnicas bioqui´micas y gene´ticas que se desarrollaron en la segunda mitad del siglo XX ha permitido tanto diferenciar entre especies cri´pticas como confirmar sinonimias. Y actualmente, la creciente aplicacio´n de marcadores gene´ticos (sobre todo las secuencias de la subunidad 16s/18s del ARNr) y el desarrollo de modelos matema´ticos (y de los correspondientes programas informa´ticos) permite la utilizacio´n de las relaciones filogene´ticas para establecer especies. En esta revisio´n se pretende resumir la evolucio´n histo´rica de la taxonomi´a del ge´nero Entamoeba, desde los inicios del siglo XX, en que los criterios morfolo´gicos y de hospedador eran los u´nicos disponibles, hasta la actualidad, en que las nuevas te´cnicas moleculares nos ofrecen una herramienta para complementar con datos gene´ticos los datos morfolo´gicos y biolo´gicos (fenoti´picos) y obtener una idea ma´s real de las especies que componen el ge´nero y la relacio´n entre ellas.
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