Resumen de Optimización del método SCAR (Sequence Characterized Amplifi ed Region) que favorece el aislamiento de loci polimórfi cos para estudios filogenéticos en taxa cercanamente relacionados
- español
Las secuencias génicas han contribuido enormemente a los estudios filogenéticos en plantas. Sin embargo, una desventaja importante en las secuencias de varios loci es su baja resolución filogenética para resolver las relaciones de taxa cercanamente relacionados. En este trabajo se propone una modificación al método SCAR que consiste en: a) digerir fragmentos polimórficos generados con marcadores RAPD en lugar de clonarlos, b) secuenciar los fragmentos digeridos y c) alinear las secuencias para diseñar oligos específicos. Esta estrategia permitió comparar de manera más rápida y sencilla regiones variables útiles para los análisis fi logenéticos en rangos taxonómicos menos inclusivos.
- English
DNA sequence data have made a tremendous contribution to plant phylogenetics. Nonetheless, a notable shortcoming of several loci has been the poor phylogenetic resolution of relationships among closely related species. In this study a modifi cation to the SCAR method is proposed that consists of: a) digestion of polymorphic RAPD fragments instead of cloning them, b) sequencing of the digested fragments, and c) alignment of sequences for designing specifi c primers. This simple approach allowed us to fi nd variable DNA loci suitable for phylogenetic analysis at lower taxonomic ranks.
