Experiencias de desarrollo en tareas de procesamiento y gestión de datos en bioinformática

• Autores: Alejandro Hadad, Franco Simonetti, Luisina Pocay, Walter Elias
• Localización: Revista Facultad de Ingeniería, ISSN-e 2357-5328, ISSN 0121-1129, Vol. 20, Nº. 31, 2011, págs. 69-76
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Development experiences in processing and data management tasks on bioinformatics
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• Resumen
  • español

    En el presente documento se describen brevemente algunas experiencias de desarrollo relacionadas a tareas de procesamiento y gestión de datos para el área de bioinformática. En dicha área una de sus características es que los mismos suelen tener alta dimensionalidad, siendo esta una de las características que dificultan cualquier proceso de reconocimiento de patrones. Por otro lado en lo que respecta a tareas de gestión de datos, el profesional que trabaja en ámbitos de bioinformática usualmente necesita disponer de suficientes variantes en cuanto al manejo de diferentes formatos de almacenamiento y métodos de procesamiento, dada la naturaleza investigativa de su profesión que le requiere continuamente realizar ensayos in silico de manera no estandarizada. Este perfil de trabajo requiere herramientas con suficiente flexibilidad a fin de dar soporte a dichas tareas. Teniendo en cuenta estos dos aspectos en este trabajo se muestran en primer lugar una experiencia en relación a estrategias para la reducción dimensional. Por otro lado se muestra una experiencia en el diseño y desarrollo de un sistema flexible basado en pipeless y pipelines.

  • English

    This document briefly describes some development experiences related to processing tasks and data management for the bioinformatics area. In this area one of its characteristics is that they tend to have high dimensionality, this is one of the characteristics which hinder the pattern recognition. On the other hand in regard to data management tasks, professional working in the bioinformatics fields usually needs to have sufficient variations in the management of different storage formats and processing methods, given the investigative nature of their profession that requires continuous testing in silico on a non-standardized way. This job profile requires tools with sufficient flexibility to support those tasks. Considering these two aspects in this work are shown first experience with regard to dimensional reduction strategies. On the other hand is an experience in designing and developing a flexible system based on pipeless and pipelines.