Presencia de secuencias ERIC en Chlamydia trachomatis

• Autores: Cecilia Hernández Cortez, Cristina Majalca Martínez, José Tomás Hernández Méndez, Silvia Giono Cerezo, Mª Guadalupe Aguilera Arreola, Graciela Castro Escarpulli
• Localización: Revista Biomédica, ISSN-e 2007-8447, ISSN 0188-493X, Vol. 23, Nº. 3, 2012, págs. 87-93
• Idioma: español
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    Introducción. Uno de los métodos empleados para la tipifi cación y el estudio de la diversidad genética bacteriana es la ERIC-PCR. La presencia de las secuencias consenso intergénicas repetitivas enterobacterianas (ERIC) se ha descrito en la mayoría de las bacterias Gram negativas, pero no se ha investigado su presencia en bacterias como Chlamydia trachomatis.

    Objetivo. Realizar la búsqueda in silico e in vitro de las secuencias ERIC en el genoma de Chlamydia trachomatis.

    Materiales y Métodos. En el estudio in silico, las secuencias ERIC se buscaron mediante la herramienta bioinformática FASTA y empleando los genomas de C. trachomatis D/uw-3/cx, C.

    trachomatis 434/Bu, C. trachomatis L2b/UCH-1/ proctitis, C. trachomatis A/har-13, C. muridarum Nigg, C. pneumoniae Tw-183, Aeromonas hydrophila y Escherichia coli K12, depositadas en la base de datos del NCBI. In vitro, se estandarizó la PCR empleando cepas de C. trachomatis serovariedades D, L2 y L3.

    Resultados. Se obtuvieron el número de alineamientos, la región de alineamiento de cada iniciador ERIC y los valores de expectación (E) y score (S) de cada genoma estudiado. Posteriormente, se determinó la presencia de la secuencias ERIC en las cepas de C. trachomatis serovariedades D, L2 y L3, siendo 44ºC la temperatura óptima de alineamiento en la PCR. Conclusiones. Con los resultados obtenidos, podemos sugerir que en el genoma de C. trachomatis existen las secuencias ERIC; si este hallazgo se reproduce en todas las serovariedades, se podría establecer un nuevo método de tipifi cación para esta bacteria.

  • English

    Introduction. One of the methods used for the typifi cation and for bacterial genetic diversity study is ERIC-PCR. The presence of enterobacterial repetitive intergenic consensus sequences (ERIC) has been described in most Gram negative bacteria, but their presence in bacteria, such as Chlamydia trachomatis, has not been investigated.

    Objective. To search in silico and in vitro for ERIC sequences in the Chlamydia trachomatis genome.

    Materials and Methods. In silico, ERIC sequences were searched with the bioinformatics tool called FASTA, downloading the genomes of Chlamydia trachomatis D/uw-3/cx, Chlamydia trachomatis 434/Bu, Chlamydia trachomatis L2b/ UCH-1/proctitis, Chlamydia trachomatis A/har- 13, Chlamydia muridarum Nigg, Chlamydophila pneumoniae TW-183, Aeromonas hydrophila, and Escherichia coli K12 deposited in the NCBI database. in vitro, the ERIC-PCR technique was standardized with strains of Chlamydia trachomatis serovars D, L2, and L3.

    Results. Were obtained the number of alignments, the alignment region of each ERIC primer, and the expectation (E) and score (S) values of each genome. Afterwards, the presence of ERIC sequences in strains of Chamydia trachomatis serovars D, L2, and L3 was determined, being 44 °C the optimal alignment temperature in the PCR.

    Conclusions. With the obtained results we can suggest that the ERIC sequences are present in the Chlamydia trachomatis genome, if this fi nding is reproduced in all the serovars, a new typing method for this bacterium could establish.