En el tracto gastrointestinal, coexiste con nuestro organismo un amplio y heterogéneo grupo bacterias no patógenas que no sólo van a contribuir al procesamiento de los alimentos que ingerimos, sino que también tienen una importante relación con nuestro sistema inmune. Existen diversas hipótesis sobre cómo el sistema inmune es capaz de diferenciar entre las bacterias de la flora, beneficiosas, y las patógenas, que intentan infectar al individuo.
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