El uso de modelos en ciencia trae aparejado para la Epistemología prblemas de interpretación tanto de orden gnoseolólgico como ontológico. Los primeros se centran principalente en la relación del modelo con la teoría. Cuestiones tales como si los modelos son de naturaleza teórica o empírica, si pertenecen a la teoría o son independientes de ella, como asi también, la naturaleza del conocimiento que proveen, pertenecen a este aspecto. Los segundos se centran principalmente en la relación del modelo con su referente.
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