Resumen de Detección y cuantificación por qPCP de Colletotrichum lindemuthianum en tejidos y semillas de frijol en Antioquia, Colombia

Katherin Vanegas Berrouet, Leonardo Martínez Pacheco, Mauricio Salazar Yepes, Pablo Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya

• español

  La antracnosis del frijol causada por Colletotrichum lindemuthianum, es una de las enfermedades más limitantes de este cultivo. El patógeno se dispersa principalmente por semilla, por lo que la siembra de material certificado es fundamental para su manejo. La detección de C. lindemuthianum se basa en el uso de medios de cultivo y en los últimos años en técnicas de PCR; siendo la PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) una alternativa que ofrece altos niveles de especificidad, sensibilidad y rapidez. En este trabajo se evaluó dicha técnica utilizando los cebadores ClF432/ClR533 y el compuesto orgánico SYBR Green. Para esto se probó la especificidad de los cebadores a partir de ADN de micelio del hongo y de tejidos infectados de frijol (foliar y vainas), construyéndose una curva estándar basada en diluciones seriadas de ADN. Finalmente, se evaluó la presencia de C. lindemuthianum en muestras de semillas de frijol variedad Cargamanto comerciales y obtenidas directamente del campo. Las pruebas de qPCR detectaron C. lindemuthianum en las ocho muestras de micelio [Ciclo Umbral (Ct): 4,3-9,85] y en 17 de las 18 muestras de tejidos de frijol, independientemente de que éstas fueran o no sintomáticas (Ct: 16,71-29,38). El patógeno fue detectado en el 84 % del total de semillas evaluadas y en 85 % de las muestras comerciales, aunque la concentración de ADN del patógeno en estas últimas fue inferior que para las semillas no-comerciales (1-32,2 pg·µL-1 vs 1-279,3 pg·µL-1). Estos resultados enfatizan la necesidad de fortalecer los programas de certificación de semilla de frijol en Colombia.

• English

  Bean anthracnose, a disease caused by Colletotrichum lindemuthianum, is one of the most limiting factors for the bean crop. This pathogen is mainly transmitted from infected seeds making the use of certified seeds vital for its control. Detection of C. lindemuthianum is based on the use of culture media and, more recently, PCR techniques such as qPCR. The latter is one of the methods of choice due to its speed and high levels of specificity and sensibility. In this work, the SYBR Green qPCR technique was tested using primers ClF432/ClR533. Specificity was tested with DNA extracted from mycelia and infected plant tissues (leaves and pods) using a serially diluted DNA control sample as standard curve. The presence of C. lindemuthianum was also verified in commercial and non-commercial seed samples. qPCR detected C. lindemuthianum in eight mycelia samples tested [Threshold Cycle (Ct): 4.3-9.85] and 17 out 18 bean tissue samples (Ct: 16.71-29.38) regardless of the presence of symptoms. The pathogen was detected in 84 % of the whole set of tested seeds, and in 85 % of the commercial samples; however, the amount of DNA detected in the latter was lower than that for non-commercial seeds (1-32.2 pg·µL-1 vs. 1-279.3 pg·µL-1). These results demonstrate the need of strengthening bean-seed certification programs in Colombia.