Los factores etiológicos de la candidiasis oral son unas defensas anti-microbianas del huésped inmaduras, la supresión adquirida de los mecanismos de defensa inmunitaria (SIDA, terapia inmunosupresora o radioterapia) o cambios de las condiciones ambientales de la cavidad oral (antibióticos, prótesis, cambios epiteliales). Después de la colonización y adhesión de la Candida a la superficie epitelial, la lesión mucosa posterior se debe a la destrucción tisular por unos enzimas proteolíticos o unas toxinas potentes, y a la respuesta inflamatoria a los antígenos de la Candida. El tratamiento antimicótico tópico con nistanina, anfotericina B, o miconazol es importante, especialmente para prevenir la diseminación de la infección. Las infecciones crónicas por Candida requieren terapia antimicótica prolongada y puede ser difícil obtener el cumplimiento del paciente. En la estomatitis por prótesis, la colonización de la superficie de ajuste de la prótesis por Candida debe ser controlada por, por ejemplo, el empleo de una solución de clorhexidina como desinfectante dela prótesis. Sin embargo, las recidivas son frecuentes si no se corrigen las condiciones de predisposición local o sistémica. El fluconazol, un nuevo bistriazol puede ser un agente importante en el tratamiento a largo plazo del paciente inmunosuprimido.
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