Low density genomic data for animal breeding: critical analysis and perspectives of the GoldenGate Beadxpress technology

• Autores: Ronyere Olegário de Araújo, Alexandre Rodrigues Caetano
• Localización: Ciencia rural, ISSN 0103-8478, Vol. 46, Nº. 11, 2016, págs. 2005-2011
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Utilização de dados genômicos de baixa densidade no melhoramento animal: análise crítica e perspectivas da Tecnologia GoldenGate BeadXpress
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• Resumen
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    The increasing development of DNA sequencing and genotyping technologies has made possible to analyze the genomes of several species. Genomic studies of production animals have greatly increased the understanding of mechanisms that control the interactions of genetic and environmental factors involved in the expression of traits of economic importance. Several technologies have been presented by different companies for the genotyping of low-density SNP panels, which may be used in different applications with different goals, such as paternity testing, diagnosis of genetic diseases, and identification of genetically superior animals based on polymorphisms characterized in candidate genes. The present review critically analyzes the GoldenGate Beadxpress technology and puts its use in these applications into perspective. Key words: SNP genotyping; GoldenGate technology; haplotypic blocks; custom SNP panels; association studies

  • português

    A crescente evolução das tecnologias de sequenciamento e genotipagem de DNA tornaram possível analisar o genoma de várias espécies, compreender suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os efeitos ambientais que estão envolvidos com a expressão de características de interesse econômico. Várias tecnologias foram apresentadas por diferentes empresas para a genotipagem de painéis de SNP de baixa densidade, os quais podem ser utilizados em diferentes aplicações com objetivos variados, desde testes de paternidade e diagnósticos de doenças genéticas até a identificação de animais geneticamente superiores, com base em polimorfismos caracterizados em genes candidatos. Essa revisão analisa a tecnologia Goldengate Beadxpress e coloca em perspectiva seu uso nessas aplicações. Palavras-Chave: genotipagem de SNP; tecnologia GoldenGate; blocos haplotípicos; chips personalizados; estudos de associação