Las técnicas de secuenciación masiva en el estudio de la diversidad biológica

• Unai López de Heredia ^[1]
  1. [1] Universidad Politécnica de Madrid

     Universidad Politécnica de Madrid

     Madrid, España

     
• Localización: Munibe Ciencias Naturales. Natur zientziak, ISSN-e 0214-7688, Nº. 64, 2016, págs. 7-31
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Massive sequencing techniques in the study of biological diversity
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• Resumen
  • español

    Las técnicas de análisis genómico que se basan en la secuenciación masiva han supuesto una revolución en la última década no sólo en biomedicina o agronomía, sino también en el estudio de la diversidad biológica. Las plataformas de secuenciación de segunda y tercera generación que vienen a complementar a la tradicional secuenciación por el método Sanger, permiten analizar un gran número de individuos obteniendo una profundidad de secuenciación signi- ficativa de sus genomas o transcriptomas. Así, aunque todavía de manera incipiente, se vienen realizando estudios sobre la flora y fauna silvestre a escala poblacional, con especial énfasis en la determinación de patrones adaptativos frente a los cambios ambientales. En la presente re- visión se describe la situación actual de las plataformas de secuenciación masiva, señalando sus ventajas y limitaciones para el análisis en organismos no modelo, para a continuación de- tallar las bases de dos de las técnicas más populares que se benefician de la secuenciación ma- siva (RAD-seq y RNA-seq) y señalar algunos ejemplos de su uso para el estudio de la diversidad biológica

  • English

    High-throughput sequencing based on genomic analysis techniques have not only revolutionized the fields of biomedicine or agronomy, but also the research into biological diversity. Second and third generation sequencing platforms complement traditional Sanger sequencing, and allow the analysis of many individuals with a significant sequencing depth of their genomes and transcriptomes. Although only at the early stage, a number of studies have been conducted on plants and animals at a population scale, especially to discern the adaptive pat- terns of the species against environmental changes. This review aims to describe the current status of high-throughput sequencing platforms, highlighting their advantages and limitations for the analysis of non-model organisms and goes on to set out the methodological basis of two of the most popular techniques benefited by high-throughput sequencing (RAD-seq and RNA-seq), providing a number of examples of its use for the analysis of biological diversity.

  • euskara

    Sekuenziatzio masiboan oinarritzen diren analisi genomikoko teknikek aurrerakuntza handia ekarri dute azken hamarkadan, ez bakarrik biomedikuntzan edo nekazaritzan, baita aniztasun biologikoaren ikerketan ere. Bigarren eta hirugarren belaunaldiko sekuenziatzio plataformek Sanger metodo tradizionala osatu eta izaki asko aztertzeko aukera ematen dute, horien genomen edo transkriptomen sakoneko sekuenziatzio esanguratsua lortzen delarik. Horrela, oraindik hastapenak badira ere, basa landare eta animali populazioak ardatz dituzten ikerketak egiten hasi dira, arreta berezia jarrita ingurumen aldaketen aurreko patroi adaptatiboen iden- tifikazioan.

    Gure berrikuspen honetan sekuenziatzio masiboko plataformen gaurko egoera deskribatzen da, ez-eredu diren izakien azterketarako dituzten abantailak eta eragozpenak aipatuaz; eta, on- doren, sekuenziatzio masiboan gehien erabilitako bi tekniken (RAD-seq eta RNA-seq) oinarri metodologikoak azaldu eta horien erabiltze adibide batzuk ematen dira, aniztasun biologiko- aren ikerketa arloan.