Panel of informative SNP markers for two genetic lines of European bison: Lowland and Lowland–Caucasian

• Marlena Wojciechowska ^[1] ; Zuzanna Nowak ^[1] ; Artur Gurgul ^[2] ; Wanda Olech ^[1] ; Wioleta Drobik ^[1] ; Tomasz Szmatoła ^[2]
  1. [1] Warsaw University of Life Sciences

     Warsaw University of Life Sciences

     Warszawa, Polonia

     
  2. [2] National Research Institute of Animal Production

     National Research Institute of Animal Production

     Kraków, Polonia

     
• Localización: Animal Biodiversity and Conservation, ISSN 2014-928X, Vol. 40, Nº. 1, 2017, págs. 17-25
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Conjunto de marcadores de tipo PSN para dos líneas genéticas de bisonte europeo: Lowland y Lowland– Caucasiana
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• Resumen
  • español

    Debido al cuello de botella demográfico, la población actual de bisonte europeo muestra un elevado grado de endogamia y una pérdida significativa de variabilidad genética. Es necesario que en los estudios realizados con estas especies específicas se apliquen métodos que permitan obtener tanta información genómica como sea posible en un tiempo breve. El objetivo de este estudio era definir un conjunto de marcadores de tipo PSN (polimorfismo de un solo nucleótido) que pudiera servir para analizar la diversidad genética de las dos líneas de bisontes europeos: Lowland (LB) y Lowland–Caucasiana (LC). En el estudio se analizaron 57 individuos de la línea LB y 72 de la línea LC. Para caracterizar bien el rendimiento de los PSN en el bisonte europeo, se usaron dos micromatrices multigénicas (genochip) con densidades diferentes de marcadores: BovineSNP50 v2 BeadChip y BovineHD BeadChip. Como consecuencia de los criterios adoptados, se seleccionaron 1.421 y 22.122 marcadores, respectivamente. Sobre la base del análisis estadístico (frecuencias alélicas, prueba exacta de Fisher y prueba Z), en última instancia se seleccionó un conjunto de 1.536 marcadores informativos de PSN para los estudios adicionales, 26 de los cuales tienen alelos privados para LB y 611, para la línea LC. La información obtenida en este estudio podría enriquecer aún más y apoyar a los programas de reproducción en un contexto de parentesco entre especímenes particulares y manadas que viven en cautividad en centros reproductivos.

  • English

    As the result of a population bottleneck, the present living population of European bison shows a high level of inbreeding, and a significant loss of genetic variability. In studies on such specific species there is a need to apply methods that obtain as much information about the genome as possible in a short time. The aim of the study was to define a panel of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers that could serve in genetic diversity analysis of European bison from two lines: Lowland (LB) and Lowland–Caucasian (LC). The study used 57 individuals from the LB line and 72 from the LC line. To identify well–performing SNPs in European bison, we used two microarrays with different markers densities: BovineSNP50 v2 BeadChip and BovineHD BeadChip. As a result of the adopted criteria, 1,421 and 22,122 markers, respectively, were selected. On the basis of statistical analysis (allele frequencies, Fisher’s exact test, and the Z–test), a panel of 1,536 informative SNP markers was ultimately selected for further study; 26 of these with private alleles for the LB line and 611 with private alleles for the LC line. The data obtained in this study could further enrich and support breeding programs in the context of relatedness between particular specimens and herds from captive breeding centres.