Los neonatos son una población especialmente susceptible a las infecciones víricas que frecuentemente afectan al sistema nervioso central. Las infecciones herpéticas pueden transmitirse al feto y al recién nacido, y ocasionar cuadros clínicos graves con déficits sensoriales y cognitivos a largo plazo. Dos terceras partes de los neonatos con encefalitis por virus herpes simple y la mitad de los niños con infección congénita sintomática por citomegalovirus desarrollan secuelas, lo cual supone un alto coste sociosanitario a largo plazo. Afortunadamente, el mejor conocimiento de estas infecciones en los últimos años y el desarrollo de tratamientos antivirales efectivos han mejorado el pronóstico de los pacientes. El valganciclovir (32 mg/kg/día en dos dosis durante seis meses) previene el desarrollo de hipoacusia y mejora el pronóstico neurológico en la infección congénita sintomática por citomegalovirus. El aciclovir (60 mg/kg/día en tres dosis durante 2-3 semanas) previene el desarrollo de formas graves en la enfermedad herpética cutánea-ocular-oral, y disminuye la mortalidad y las secuelas en la enfermedad diseminada y localizada en el sistema nervioso central.
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