Diseño y evaluación de primers para el estudio de la expresión del gen PepT1 en células del epitelio intestinal de juveniles de tilapia (Oreochromis sp.) por RT-PCR

• Autores: Juan Manuel Vera Delgado
• Localización: La Técnica, ISSN 1390-6895, ISSN-e 2477-8982, Nº. 13, 2014 (Ejemplar dedicado a: Diciembre), págs. 54-63
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Design and evaluation of primers for the study of gene expression of PepT1 in intestinal epithelial cells of juvenile tilapia (Oreochromis sp.) by RT-PCR
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    El péptido transportador 1 (PepT1) es una proteína de membrana que facilita la captación de di/tri péptidos en el intestino. Estudios funcionales y estructurales han proporcionado información detallada sobre las características del gen PepT1 y varios aspectos de su regulación en vertebrados superiores, sin embargo, la información en vertebrados inferiores, donde se incluyen los peces, es limitada. PepT1 juega una importante función en la absorción de oligopéptidos y por lo tanto en el crecimiento de los peces. Los resultados de alineación de secuencias, usando el programa ClustalW, mostraron que PepT1 en tilapia (Oreochromis sp.) consiste de 21 exones, cubriendo una región genómica de unos 8 938 nucleótidos; mientras, la región codificante corresponde a 2 274 nucleótidos. Diferentes primers fueron diseñados basados en las regiones más homólogas de los alineamientos ClustalW. Seis pares de cebadores fueron seleccionados para el experimento de RT-PCR y el ARN extrayéndolo del intestino de juveniles de tilapia. Los amplicones esperados se obtuvieron por cada par de cebadores, en virtud de diversas temperaturas de hibridación y tiempo de amplificación.   

  • English

    The peptide transporter 1 (PepT1) is a membrane protein that facilitates uptake of di/tri-peptides in the intestine. Structural and functional studies have provided detailed information on the characteristics of PepT1 gene and various aspects of its regulation in higher vertebrates, however, the information in lower vertebrates, where fish are included, is limited. PepT1 plays an important function in the oligopeptide absorption and thus the growth of the fish. The results from sequence alignment using the ClustalW program showed that tilapia ( Oreochromis sp.

    ) PepT1 consists of 21 exons, covering a genomic region of about 8938 nucleotides, while the coding region corresponds to 2274 nucleotides. Different primers were designed based on the most homologous regions in the ClustalW alignments. Six pairs of primers were selected for RT-PCR experiment and RNA was extracted from the intestine of juvenile tilapia. The expected amplicons were obtained by each pair of primers, under various annealing temperature and amplification time.