Single-tube classical PCR for "Candida auris" and "Candida haemulonii" identification

• Autores: Laura Theill, Catiana Dudiuk, Soraya E. Morales-López, Indira Berrio, José Yesid Rodríguez, Adriana Marín Osorio, Soledad Gamarra, Guillermo Garcia Effron
• Localización: Revista Iberoamericana de Micología, ISSN 1130-1406, Vol. 35, Nº. 2, 2018, págs. 110-112
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • PCR múltiple para la identificación de "Candida auris" y "Candida haemulonii"
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    Antecedentes Candida auris y Candida haemulonii son patógenos emergentes y multirresistentes. C. auris ha sido responsable de brotes hospitalarios y no se puede identificar por métodos fenotípicos. Los únicos métodos de identificación confiables incluyen la secuenciación y el MALDI-TOF.

    Objetivos Desarrollar un método de PCR clásica capaz de identificar rápidamente C. auris y C. haemulonii.

    Métodos Se llevó a cabo una PCR múltiple en un tubo que incluyó un control interno y oligonucleótidos que hibridan específicamente con la región ITS2 de C. auris y C. haemulonii. Para comprobar la utilidad del método se utilizó una colección de 50 aislamientos de 20 especies diferentes (identificadas por secuenciación del ITS). La selección de especies se hizo con el fin de emular el panel de especies que ofrece el CDC para la correcta identificación de C. auris. Además, se incluyeron especies que son confundidas con C. auris y no están incluidas en el citado panel.

    Resultados Los resultados obtenidos con el protocolo propuesto estuvieron en total acuerdo con los obtenidos por la secuenciación del ITS.

    Conclusiones El método que presentamos es capaz de identificar inequívocamente C. auris y diferenciarla de C. haemulonii. Es barato, rápido y podría ser una herramienta útil para reducir la posibilidad de brotes por C. auris.

    Palabras clave Candida auris, Identificación molecular, Candida haemulonii

  • English

    Background Candida auris and Candida haemulonii are emerging and multiresistant pathogens. C. auris has produced hospital outbreaks and is misidentified by phenotypic-based methods. The only reliable identification methods are DNA sequencing and MALDI-TOF.

    Aims To develop a classical-PCR method capable of rapidly and accurately identify C. auris and C. haemulonii.

    Methods A multiplex PCR was carried out in one tube that included an internal control and oligonucleotides that specifically hybridize to the ITS2 region of C. auris and C. haemulonii. The usefulness of the new method was verified by testing a collection of 50 strains of 20 different species (previously identified by ITS sequencing). The selection of species was made in order to emulate the C. auris panel used by the CDC to validate diagnostic tools. In addition, other yeast species not included in the aforementioned panel were incorporated based on reported identification errors.

    Results The results obtained with the proposed protocol were in total agreement with those obtained by ITS sequencing.

    Conclusions We present a PCR method able to unequivocally identify C. auris and differentiate it from C. haemulonii. It is inexpensive, fast and it could be a useful tool to reduce the chances of a C. auris outbreak.

    Keywords Candida auris, Molecular identification, Candida haemulonii