Objetivo. Medir la diversidad y estructura genética en poblaciones de gatos domésticos (Felis catus) mediante marcadores de pelaje en el municipio de Montería(Colombia). Materiales y métodos. Se realizaron muestreos aleatorios de enero a junio del año 2014, en animales adultos presentes en seis barrios de Montería, donde se caracterizó fenotípicamente cada animal; la nomenclatura utilizada está en concordancia con el COMMITTE ON STANDARDIZED GENETIC NOMENCLATURE FOR CATS (1968). Las características genéticas presentadas en este estudio son: el locus ligado al sexo Orange (O) y los loci autosómicos Non-agouti(a), Blotched tabby (Tb), Dilution (d), Pelo largo (l) Manchado de blanco (S) y Dominante blanco (W). Los parámetros genéticos poblacionales: frecuencia alélica, diversidad genética,equilibrio Hardy-Weinberg y estructura poblacional fueron calculados a través del programa PopGene 1.31; la estructura genética y la distancia genética se evaluaron mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. La elaboración del dendrograma se realizó empleando el programa MEGA 5. Resultados. El gen Manchado de blanco mostró la mayor frecuencia mientras el marcador Dominante blanco presentó los valoresmás bajos de las frecuencias alélicas. Se registraron bajos niveles de variabilidad genética a nivel global y poblacional, así mismo, se obtuvo una escasa diferenciación genética entre las poblaciones, acompañado de un elevado flujo génico; se observó un exceso de homocigotos a nivel subpoblacional y a nivel poblacional, no hubo equilibrio Hardy-Weinberg en todas las poblaciones con relación a los marcadores Orange y Manchado de blanco. Conclusiones. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente, situación que puede obedecer a su cercanía geográfica, además se evidenció una posible selecciónnatural y artificial de los marcadores Orange y Manchado de blanco.
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