Identification of candidate genes involved in the response to different abiotic stresses in potato (Solanum tuberosumL.)

• Autores: Leire Barandalla Urtiaga, Héctor Alberto Alvarez Castillo, José Ignacio Ruiz de Galarreta Gómez, Enrique Ritter
• Localización: Revista Latinoamericana de la Papa, ISSN 1019-6609, ISSN-e 1853-4961, Vol. 22, Nº. 2, 2018, págs. 33-38
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Identificación de genes candidatos implicados en la respuesta a diferentes estreses abióticos en papa (Solanum tuberosumL.)
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• Resumen
  • español

    Las plantas que crecen en hábitats naturales están expuestas a múltiples estreses ambientales resultantes de factores abióticos como el calor, la sequía y el frío, que tienen un impacto significativo en la papa cultivada. Se ha evaluado en dos variedades de Solanum tuberosumL. Soprano y Kondor, la adaptación a diferentesestreses abióticos como calor, frío y sequía. Para ello, las plantas de ambas variedades fueron estresadas y cuando mostraron síntomas se llevó a cabo la extracción de ARN y se construyó una biblioteca de ADNc para cada muestra. El objetivo de este estudio fue detectar y analizar los genes involucrados en las respuestas al estrés abiótico en papa. El ensayo generó secuencias de transcriptomas de ambas variedades, con un total de 5579655 lecturas y 8420 genes candidatos posibles. 4027 de los genes candidatos fueron polimórficos y presentaron un número diferente de patrones definidos por un número variable de SNPs. Muchos de los genes candidatos generados mostraron una expresión diferencial, ya que el gen candidato estaba presente en la planta estresada, pero no en la control. La aplicación de esta metodología nos permite detectar numerosos genes candidatos o combinaciones específicas de alelos, que se expresan diferencialmente después de la aplicación de diferentes estreses abióticos. Esto será útil para identificar alelos superiores que se pueden usar en la Selección Asistida por Marcadores para la resistencia y tolerancia a estreses abióticos

  • English

    Plants growing in natural habitats are exposed to multiple environmental stresses resulting from abiotic factors such as heat, drought, and cold, which have a significant impact on cultivated potato. We have evaluated in two Solanum tuberosumvarieties, Soprano and Kondor, the adaptation to different abiotic stresses as heat, cold, and drought. For this purpose plants of both varieties were stressed, and when they showed symptoms, RNA extraction was carried out and a cDNA library for each sample was constructed. The objective of this study was to detect and analyse the genes involved in the responses to abiotic stresses in potato.The assay generated transcriptome sequences from both varieties, and a total of 5.579.655 reads and 8420 putative candidate genes were generated. 4.027 of the candidate genes were polymorphic and presented a different number of patterns defined by a varying number of SNPs. Many of the generated candidate genes showed differential expression, since the candidate gene was present in the stressed plant, but not in the control plant. The application of this methodology allows us to detect numerous candidate genes or specific alleles/allele combinations, which are differentially expressed in specific samples after the application of different abiotic stresses. This will be useful to identify superior alleles which can be used in Marker Assisted Selection for resistance and tolerance to abiotic stresses