Alineamiento de secuencias bioinformáticas en una arquitectura GRID

• Autores: Simon Orozco Arias, Marcelo Herrera-González, Leonardo Soto Agudelo, Gustavo A. Isaza Echeverry
• Localización: Gerencia Tecnológica Informática, ISSN 1657-8236, Vol. 15, Nº. 43, 2016, págs. 37-45
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Bioinformatics sequence alignment on a GRID architecture
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• Resumen
  • español

    Las tecnologías de la computación de altas prestaciones se han convertido en herramientas muy útiles, empleadas por diferentes empresas o centros de investigación para la ejecución de procesos y análisis de datos masivos en tiempo real, convirtiéndose en necesidades básicas para la mayoría de los procesos investigativos. Sin embargo, uno de los principales objetivos que se buscan al utilizar este tipo de sistemas es el empleo del menor tiempo posible de ejecución de procesos y una mayor precisión en los resultados. En este artículo se dará a conocer de manera general una arquitectura que satisface esas necesidades, como es el caso de una Grid Computing. También se presentará qué factores influyen en ella, qué elementos se deben configurar y cómo es el rendimiento al ejecutar trabajos bioinformáticos en esta arquitectura. Para ello se ejecutarán alineamientos usando NCBIBlast en diferentes nodos de cómputo ubicados dispersos geográficamente, finalmente se evidencia el desempeño que se obtiene al finalizar las tareas

  • English

    Tools such as high performance computational technologies have become very useful, used by research centers for running real time analysis. This turns high performance computing into a basic need for any research process. Moreover, minimizing the time spent to run this processes and increasing the precision with which the processes can run are some of the main reasons this technology is used. This article will discuss Grid computing (in a general manner) which is an architecture that satisfies these need. It will also showcase the fundamental factors that influence grid computing and how the performance of bioinformatics jobs can be boosted using this type of architecture. This will be done using NCBI-Blast in computational nodes which are placed in different physical locations in order to see the obtained performance after running each job.