Resumen de Detección molecular de seis virus de ARN en brotes de tubérculos de papa criolla (Solanum phureja) en Antioquía , Colombia

Andrea Sierra Mejía, Yuliana Gallo García, Meike Estrada Arteaga, Pablo Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya

• español

  El cultivo de papa criolla (Solanum phureja) es una de las alternativas productivas más promisorias para las regiones alto-andinas de suramérica gracias a su alta demanda interna y potencial de exportación. En Antioquia, Colombia, el cultivo se ve afectado por un complejo de virus que reducen su rendimiento y afectan la calidad de los tubérculos-semilla. En este trabajo se evaluó la incidencia de seis virus de ARN (PLRV, PVS, PVV, PVX, PVY y PYVV) en brotes de tubérculos utilizando la técnica de RT-PCR en tiempo-real (RT-qPCR). Se encontraron muy altos niveles de infección de los virus: PVS y PYVV fueron detectados en el 100 % de las muestras, PLRV y PVY en el 46,66 %, y PVX y PVV en el 40 %. La circulación de los seis virus en el oriente de Antioquia se confirmó mediante secuenciación de nueva generación (NGS), obteniéndose los genomas completos para todos los virus con excepción del PYVV, del que sólo fue posible el ensamblaje parcial de sus tres segmentos genómicos. El análisis de NGS registró la presencia del bell pepper alphaendornavirus (BPEV), lo que representa el primer registro de este virus en papa en Colombia. Los análisis filogenéticos realizados con secuencias NGS y amplicones de la cápside ubicaron a los seis virus en clados que en su mayoría estuvieron conformados por aislamientos colombianos, con niveles de identidad superiores al 95 %. Estos resultados indican la alta necesidad de establecer un programa de certificación de tubérculos-semilla de papa criolla en Colombia.

  Palabras clave adicionales: Carlavirus, crinivirus, potexvirus, potyvirus, RT-PCR en tiempo-real, secuenciación de nueva generación

• English

  Molecular detection of six RNA viruses in tuber sprouts of potato (Solanum phureja) in Antioquia, Colombia Due to its high internal demand and export potential, potato (Solanum phureja) has become one of the most promising crops for the high Andean region of South America. In Antioquia, Colombia, the S. phureja crop is affected by a complex of viruses that have a very significant effect on yield and tuber-seed quality. In this work, we have investigated the incidence of six RNA viruses (PLRV, PVS, PVV, PVX, PVY and PYVV) in sprouts from the tuber-seeds used by farmers to start their new crop cycles. Detection of these viruses by real-time RT-PCR (RT-qPCR) revealed 100 % incidence of PVS and PYVV and intermediate levels for PLRV (46.66 %), PVY (46.66 %), PVX (40.0 %) and PVV (40.0 %). The circulation of these viruses in eastern Antioquia was confirmed by Next-generation sequencing (NGS) of bulked leaf samples. Complete genome sequences were obtained for all viruses under study with the exception of PYVV, of which only partial segments could be obtained. In addition, NGS also revealed the presence of bell pepper alphaendornavirus (BPEV), which is the first report for this virus infecting potato in Colombia. Phylogenetic analyses on sequences derived from NGS and RT-qPCR demonstrated that PLRV, PVS, PVV, PVX, PVY and PYVV are all related to Colombian isolates sharing nucleotide sequence identities above 95 %. These results reveal an urgent need to establish a tuber-seed certification program for S. phureja in Colombia.

  Additional keywords: Carlavirus, crinivirus, polerovirus, potexvirus, potyvirus, real-time RT-PCR, next generation sequencing