Resumen de Caracterización genética y fenotípica de una población de cerdo pelón mexicano

J.M. Ramírez Reyes, E. García, A. Medellín Cazares, W. Osorto Hernández, Joel Domínguez Viveros

• español

  En cerdo pelón mexicano se analizó el pedigrí (n = 305), 16 variables morfológicas (VARMOR; n = 201) y 74 marcadores genéticos (SNP; n = 107) de uso en pruebas de paternidad. Se calculó: ancestros fundadores; tamaño efectivo (Ne); consanguinidad; intervalo generacional (IG); estadísticos F de Wright (FST, FIS y FIT). Las VARMOR fueron: longitud de cabeza, ancho de cabeza, longitud de hocico, ancho de hocico, longitud de oreja, ancho de orejas, distancia entre orbitales, altura a la cruz, ancho de pecho, circunferencia de pecho, longitud de cuello, ancho de cuello, perímetro de caña, longitud de cuerpo, ancho de pelvis, perímetro abdominal; se analizaron con el modelo mixto: y = μ + si + gj + β1 + β2 + mad + ε, donde: y, variable respuesta; μ, media; si, sexo; gj, granja; β1 y β2, lineal y cuadrático de la covariable edad del individuo; mad, efecto aleatorio de la madre; ε, residuales. Con la matriz de correlaciones se realizó un análisis de componentes principales. En los SNP se estimó el contenido de información polimórfica (PIC) y sus componentes, así como las probabilidades de no exclusión combinada (PNE). Ne = 92.10; ancestros que explican el 50% del pedigrí = 7; porcentaje de animales consanguíneos = 2.3%; consanguinidad promedio = 0.11%; IG promedio = 1.69 años. FST = 7%; FIS y FIT de -0.083 y -0.006, respectivamente. El mad explicó, en promedio, el 54.3% de la variabilidad. Para PIC, el promedio fue de 0.266 con valores en el intervalo de 0.018 a 0.375; las PNE fueron en el intervalo de 0.007 a 3.1E-22.

• English

  In Mexican hairless pig analyzed the pedigree (n = 305), 16 morphological variables (VARMOR, n = 201) and 74 genetic markers (SNP, n = 107) for use in paternity tests. Was calculated: founder ancestors; effective size (Ne); inbreeding; generational interval (IG); Wright F statistics (FST, FIS and FIT). The VARMOR were head length, head width, snout length, snout width, ear length, width of ears, distance between orbitals, height at the cross, chest width, chest circumference, neck length, neck width, cane perimeter, body length, pelvic width, abdominal perimeter; analyzed with the mixed model: y = μ + si + gj + β1 + β2 + mad + ε; where: y, response variable; μ, mean; si, sex; fj, farm; β1 and β2, linear and quadratic of the covariate age of the animal; mad, random effect of the mother; ε, residuals. With the correlation matrix, a principal component analysis was carried out. For the SNPs, the polymorphic information content (PIC) and its components were estimated, as well as the probabilities of non-exclusion combined (PNE). Ne = 92.10; ancestors that explain 50% of the pedigree = 7; percentage of inbreeding animals = 2.3%; average inbreeding = 0.11%; average IG = 1.69 years. FST = 7%; FIS and FIT of -0.083 and -0.006, respectively. Mad explained, on average, 54.3% of the variability. For PIC, the average was 0.266 with values in the interval of 0.018 to 0.375; the PNE were in the interval of 0.007 to 3.1E-22.