Resumen de Simulación de la proteína SPIKE COVID19 en laboratorios de informática educativa

Erwin Leonidas Blanco San Martín, Fabiola M. Sáez Delgado, Lorena Paulina Blanco San Martín

• español

  INTRODUCCIÓN: Las proteínas son una de las moléculas orgánicas que cumplen funciones vitales en la mantención de la vida y reproducción celular, su fabricación es un proceso complejo gobernado por una secuencia de plegamientos aún desconocida. En el contexto del Covid19, la iniciativa Folding@home llevó a cabo un proyecto de computación distribuida que permite la simulación del proceso de plegamiento de la proteína Spike del Covid19, cuya función es acoplarse al receptor ACE2 de las células animales y así penetrar a la célula y utilizar su maquinaria para reproducirse. OBJETIVO: Probar que el tiempo computacional ocioso disponible en los laboratorios de informática educacionales, puede ser usado para la simulación del plegamiento de proteínas. MÉTODO: Esta fue una investigación descriptiva donde se instaló un software cliente en computadores de gama baja que continuamente enviaron unidades de trabajo de plegamiento proteico a un servidor central. RESULTADOS: Tras 90 días de trabajo, un clúster de 27 PCs finalizaron 1993 unidades de trabajo de simulación de la proteína Spike. DISCUSIÓN Y CONCLUSIONES: A pesar de que el piloteo fue un éxito, se advierte que el software cliente debe ser optimizado para sacar el máximo de provecho a los diferentes procesadores y sistemas operativos con los cuales es compatible el software de computación distribuida proveído por Folding@home.

• English

  INTRODUCTION: Proteins are one of the organic molecules that have vital functions in the maintenance of cell life and reproduction, their manufacture is a complex process governed by a sequence of folding still unknown. In the context of Covid19, the Folding@home initiative carried out a distributed computing project that allows the simulation of the folding process of the Spike protein of Covid19, whose function is to couple to the ACE2 receptor of animal cells and thus penetrate the cell and use its machinery to reproduce. OBJECTIVE: To prove that the idle computational time available in educational computer labs can be used to simulate protein folding. METHOD: This is descriptive research where client software is installed on low-end computers that continuously send protein folding work units to a central server. RESULTS: After 90 days of work, a cluster of 27 PCs completed 1993 units of simulation of the Spike protein. DISCUSSION AND CONCLUSIONS: Although the piloting was successful, the client software must be optimized to take full advantage of the different processors and operating systems with which the distributed computing software provided by Folding@home is compatible.

• português

  INTRODUÇÃO: As proteínas são uma das moléculas orgânicas que têm funções vitais na manutenção da vida e reprodução celular, sendo sua fabricação um processo complexo, governado por uma sequência de dobragem ainda desconhecida. No contexto da Covid19, a iniciativa Folding@home realizou um projeto de computação distribuída que permite a simulação do processo de dobragem da proteína Spike da Covid19, cuja função é acoplar ao receptor ACE2 das células animais e, assim, penetrar na célula e use suas máquinas para se reproduzir. OBJETIVO: Provar que o tempo de inatividade disponível em laboratórios de informática educacional pode ser usado para simular o dobramento de proteínas. MÉTODO: Esta é uma pesquisa descritiva, na qual o software cliente é instalado em computadores de baixo custo que enviam continuamente unidades de trabalho de dobra de proteínas para um servidor central. RESULTADOS: Após 90 dias de trabalho, um cluster de 27 PCs completou 1993 unidades de simulação da proteína Spike. DISCUSSÃO E CONCLUSÕES: Embora o teste tenha sido bem-sucedido, o software cliente deve ser otimizado para aproveitar ao máximo os diferentes processadores e sistemas operacionais com os quais o software de computação distribuído fornecido pelo Folding@home é compatível.