Resumen de Identificación de virus de RNA en cultivos de tomate del oriente de antioquia (Colombia) por secuenciación de nueva generación (NGS)

Yuliana Gallo García, Laura Muñoz Baena, Luisa F. Toro Fernández, Pablo Gutiérrez Sánchez, Mauricio Alejandro Marín Montoya

• español

  Las enfermedades de origen viral son unas de las limitantes más importantes en los cultivos de tomate, siendo reportados en el mundo cerca de 136 especies de virus que afectan esta hortaliza. En Colombia sólo se han registrado unas 15 especies de virus en tomate, lo que indica la necesidad de continuar con la caracterización del viroma de este cultivo. En este trabajo se evaluó mediante técnicas moleculares como RT-PCR, RT-qPCR, secuenciación de nueva generación (NGS) y Sanger, la presencia de virus de RNA en muestras foliares de tomate var. Chonto del oriente de Antioquia. Los resultados de NGS identificaron la ocurrencia en las muestras de los virus Potato virus Y (PVY), Potato yellow vein virus (PYVV), Potato virus S (PVS) y Potato virus X (PVX), siendo posible mediante análisis bioinformáticos el ensamblaje de los genomas completos de los virus PVX (6428 nt) y PVS (8492 nt), al presentar el mayor número de reads en el transcriptoma analizado. La infección de los cuatro virus en cultivos de tomate en esta región fue confirmada mediante pruebas RT-qPCR y secuenciación Sanger de amplicones obtenidos para la cápside viral utilizando RT-PCR convencional. Estos resultados señalan la necesidad de fortalecer los programas de manejo integrado de enfermedades virales en los cultivos de tomate del país y representan los primeros reportes formales de PVS y PVX sobre este hospedante en Colombia

• English

  Detection of RNA viruses in tomato crops from eastern Antioquia (Colombia) using next-generation sequencing (NGS) Viral diseases are one of the most important limiting factors of the production of tomato. In the world about 136 viral species have been reported to infect this plant but only 15 have been registered in Colombia, thus far. The latter suggests that the tomato virome in Colombia is underrepresented. In this work, the diversity of RNA viruses infecting tomato var. Chonto crops in eastern Antioquia was evaluated by RT-PCR, RT-qPCR, Next-generation sequencing (NGS) and Sanger sequencing. NGS revealed the presence of Potato virus Y (PVY), Potato yellow vein virus (PYVV), Potato virus S (PVS) and Potato virus X (PVX). PVX (6428 nt) and PVS (8492 nt) were the most abundant viruses and were completely assembled using the RNA-seq data. Infection by all four viruses was confirmed by RT-qPCR and Sanger sequencing of RT-PCR amplicons. These results highlight the need to strengthen the integrated disease management program for tomato in Colombia. This work is the first formal report of PVS and PVX naturally infecting tomato in Colombia.