Comparison between nasopharyngeal swabs and saliva as reliable specimens for the diagnosis of SARS-CoV-2

• Gonzáles-Losada, Cristobal ^[1] ; González-Lodeiro, Luis ^[2] ; Beato Canfux, Abraham ^[3] ; Fernández, Julio Raúl ^[2] ; Camacho, Hamlet ^[2] ; Vázquez-Blonquist, Dania ^[2] ; Guillén Nieto, Gerardo Enrique ^[2]
  1. [1] Universidad de Ciencias Médicas de la Habana

     Universidad de Ciencias Médicas de la Habana

     Cuba

     
  2. [2] Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología

     Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología

     Cuba

     
  3. [3] Hospital Militar Central “Dr. Luis Díaz Soto”. La Habana.

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• Localización: Revista Habanera de Ciencias Médicas, ISSN-e 1729-519X, Vol. 20, Nº. 3, 2021
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Comparación de la confiabilidad del diagnóstico del SARS-CoV-2 entre muestras de hisopado y saliva
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• Resumen
  • español

    Introducción: El SARS-CoV-2 es un virus ARN positivo. Este virus puede ser detectado en diferentes tipos de secreción como hisopada bucal, nasal, esputo, saliva, sangre, etc.Objetivo: El objetivo de este estudio es comparar la confiabilidad de diferentes tipos de muestras, saliva y exudado, en la detección de SARS-CoV-2.Material y Métodos: Una muestra de 22 pacientes con diagnóstico de Covid-19 fue estudiada. Se tomaron muestras pareadas de saliva y exudado nasofaríngeo y orofaríngeo en cada paciente. Se emplearon los hisopos y medios de la firma alemana IMPROVE®. Los resultados de las determinaciones por RT-PCR se compararon mediante test de Fisher (test de la probabilidad exacta de Fisher) y cada sets de muestras fue evaluada individualmente y luego comparadas por curvas ROC. El estándar de oro propuesto fue el doble hisopado nasofaríngeo/orofaríngeo.Resultados: El método de oro propuesto detectó 10 casos positivos. La coincidencia de detección entre todos los sets de muestras fue de 3 casos (30%). Se obtuvieron diferencias significativas (Fisher p = 0.003) en la comparación de los casos detectados en saliva vs el estándar de oro. El análisis de curvas ROC mostró un área bajo la curva de 0.650 (30% de sensibilidad) para la saliva. En el caso del hisopado nasofaríngeo y el estándar de oro mostraron un área bajo la curva de 0.95 y 1.00, respectivamente, con una sensibilidad del 90% y 100%, respectivamente.Conclusiones: La saliva no es una muestra confiable para la detección de SARS-CoV-2. La muestra más confiable para el diagnóstico fue el hisopado nasofaríngeo y el doble hisopado.

  • English

    Introduction: The SARS-CoV-2 virus is a positive-strand RNA virus. The virus can also be detected in many different specimens as throat swabs, nasal swabs, sputum, saliva, blood, etc.Objective: The aim of this paper is to compare the reliability of different types of specimen collection, saliva and swabs samples for the detection of SARS-CoV-2.Material and Methods: A sample of 22 COVID-19 positive patients was selected. Paired samples from saliva, nasopharyngeal, oropharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal swabs were collected on the 7th day after diagnosis. The hyssops and medium employed was IMPROSWAB and IMPROVIRAL NAT Medium, Germany. The sample evaluation was conducted through RT-PCR. The results were compared using Fisher’s exact test and ROC curve. The gold standard proposed in this paper was the nasopharyngeal + oropharyngeal swabs specimen.Results: The gold standard method detected 10 true positive cases, of which oropharyngeal swabs, nasopharyngeal swabs and saliva only detected three positive cases. Significant differences (Fisher’s exact test p = 0.003) were detected in the comparison between saliva and the gold standart proposed. The ROC curve analysis showed that saliva had an area under the curve of 0.650, with a 30% of sensibility. However, the nasopharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal samples had an area under curve of 0.950 and 1.000, respectively, with a sensibility of 90% and 100%, respectively.Conclusion: Saliva samples are not a reliable specimen for SARS-CoV-2 RNA detection. In turn, the most reliable specimens are nasopharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal samples collected by swabbing.