Result turnaround time of RT-PCR for SARS-CoV-2 is the main cause of COVID-19 diagnostic delay: a country-wide observational study of Mexico and Colombia

• Isaac Núñez ^[1] ; Pablo F. Belaunzarán-Zamudio ^[2] ; Yanink Caro-Vega ^[1]
  1. [1] Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán

     Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán

     México

     
  2. [2] Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas
• Localización: Revista de investigación clínica, ISSN 0034-8376, ISSN-e 2564-8896, Vol. 74, Nº. 2, 2022, págs. 71-80
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • El tiempo de respuesta de los resultados de la RT-PCR para el SARS-CoV-2 es la causa principal del retraso en el diagnóstico de la COVID-19: un estudio observacional de todo el país de México y Colombia
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• Resumen
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    Antecedentes: se ha descrito que el retraso en el diagnóstico de COVID-19 debido a la notificación tardía de la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa en tiempo real es una causa importante de la vigilancia subóptima de COVID-19 y la contención de brotes. Objetivo: El objetivo del estudio fue determinar la duración del retraso en el diagnóstico debido al tiempo de respuesta de la prueba y su asociación con el estado de marginación. Métodos:En este estudio observacional utilizando datos abiertos nacionales de México y Colombia, cuantificamos la demora en el diagnóstico de COVID-19 que se presentó en ambos países. Se consideraron dos períodos que contribuyeron al retraso en el diagnóstico: el tiempo desde el inicio de los síntomas hasta la prueba (retraso uno) y el tiempo de respuesta de la prueba (retraso dos). El estado de marginación se determinó de acuerdo con las puntuaciones específicas de cada país. Resultados: Entre 3,696,773 pacientes de México y Colombia, la demora dos fue generalmente más larga que la demora uno. La mediana de retraso uno fue de 3 días y dos de 7 días en Colombia, mientras que en México fueron de 3 y 4 días, respectivamente. En Colombia, peor situación de marginación prolongó la demora dos. En México se realizó un menor número y porcentaje de pruebas rápidas en las zonas con mayor marginación. Conclusión:La demora en el diagnóstico se debió principalmente al tiempo de respuesta de la prueba. El estado de marginación fue una barrera importante para el acceso a las pruebas diagnósticas.

  • English

    Background: Delay in COVID-19 diagnosis due to late real-time reverse transcription-polymerase chain reaction reporting has been described to be an important cause of suboptimal COVID-19 surveillance and outbreak containment. Objective: The objective of the study was to determine the duration of diagnostic delay due to test turnaround time and its association with marginalization status. Methods: In this observational study using national open data of Mexico and Colombia, we quantified the delay in COVID-19 diagnosis that occurred in both countries. We considered two periods that contributed to the delay in diagnosis: the time from symptom onset until testing (delay-one) and test turnaround time (delay-two). Marginalization status was determined according to country-specific scores. Results: Among 3,696,773 patients from Mexico and Colombia, delay-two was generally longer than delay-one. Median delay-one was 3 days and delay-two 7 days in Colombia, while in Mexico, they were 3 days and 4 days, respectively. In Colombia, worse marginalization status prolonged delaytwo. In Mexico, a lower number and percentage of rapid tests were performed in areas with worse marginalization. Conclusion: Diagnostic delay was mostly due to test turnaround time. Marginalization status was an important barrier to diagnostic test access.