Las tecnologías de secuenciación han permitido la obtención de datos genómicos, por lo que las aproximaciones multilocus a escalas genómicas en los estudios de la biodiversidad son ya una práctica común. La filogenómica se ha convertido en una herramienta fundamental en estudios de diversas disciplinas biológicas, ya que permite una resolución mayor en la obtención de filogenias a distintas escalas (profundas o recientes), evidenciando procesos involucrados en la evolución de cualquier taxón. Específicamente en biogeografía, ha permitido conocer detalles en la evolución geográfica de especies con amplia distribución, mientras que la filogenómica, también genera modelos evolutivos sobre los cuales se puede reconocer la diversidad críptica y los probables mecanismos que la generan en múltiples taxones que presentan escasa disparidad morfológica. En esta revisión, trato de mostrar el profundo impacto de la filogenómica en distintas disciplinas biológicas, así como algunas particularidades de los fundamentos de esta disciplina, las aplicaciones prácticas que dependen enteramente de ella y el potencial de los estudios que incorporan modelos filogenómicos para responder preguntas complejas de la evolución biológica.
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