CGWork: Herramienta para el estudio de genómica comparativa con aplicaciones en el diseño racional de vacunas

• Autores: Jorge Alejandro Jiménez Garí, Fernando Figueredo Sánchez, Víctor Ventura Mena
• Localización: Serie Científica de la Universidad de las Ciencias Informáticas, ISSN-e 2306-2495, Vol. 15, Nº. 6, 2022 (Ejemplar dedicado a: junio), págs. 70-83
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • CGWork: Tool for the study of comparative genomics with applications in the rational design of vaccines
• Enlaces
  • Texto completo (pdf)
• Resumen
  • español

    Debido al desarrollo de las técnicas de secuenciación y la acumulación de datos de varios genomas de microorganismos se abre la posibilidad de realizar estudios de genómica comparativa para la identificación de candidatos vacunales. En estos estudios se buscan proteínas de superficie universalmente presentes y poco variables entre organismos de una misma especie. En este trabajo se presenta una herramienta capaz de realizar un proceso de agrupamiento y análisis de subconjuntos de genomas. Basa su funcionamiento en un proceso de agrupamiento progresivo con dos medidas de similitud, una que permite el cálculo rápido con baja sensibilidad, basada en descomposición en k-tuplas, y otra que permite una búsqueda exhaustiva, basada en alineamientos, con una mayor sensibilidad, pero con mayor tiempo de procesamiento. Además, posibilita la búsqueda de un gen específico y su localización tanto en el genoma como los clústeres en que se encuentra, para la búsqueda de sus posibles ortólogos La herramienta tiene potencialidades en el diseño racional de vacunas, y ya se está empleando en un proyecto cuyo fin es la explicación de la reactividad cruzada a la vacuna cubana contra meningitis meningocócica VAMENGOC-BC.

  • English

    Due to the development of sequencing techniques and the accumulation of data from several genomes of microorganisms, the possibility of conducting comparative genomics studies for the identification of vaccine candidates opens up. These studies look for surface proteins that are universally present and not very variable between organisms of the same species. In this work, a tool capable of performing a process of grouping and analysis of subsets of genomes is presented. It bases its operation on a progressive grouping process with two similarity measures, one that allows rapid calculation with low sensitivity, based on k-tuple decomposition, and the other that allows an exhaustive search, based on alignments, with greater sensitivity. but with longer processing time. In addition, it makes it possible to search for a specific gene and its location both in the genome and in the clusters in which it is found, in order to search for its possible orthologs. The tool has potential in the rational design of vaccines, and is already being used in a project whose purpose is the explanation of the cross-reactivity to the Cuban vaccine against meningococcal meningitis VAMENGOC-BC.