Comparación entre cinco técnicas de PCR para el diagnóstico del SARS-CoV-2

• Autores: Alberto Tenorio Abreu, Ana Ruiz Castillo, Antonio Francisco Guzmán González, Alejandro Peña Monje, José María Saavedra Martín, Francisco Franco-Alvarez de Luna
• Localización: Revista Española de Quimioterapia, ISSN-e 0214-3429, Vol. 35, Nº 4, 2022, págs. 401-405
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Comparison between five PCR techniques for the diagnosis of SARS-CoV-2
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    Introducción. Desde que aparecieron los primeros casos de SARS-CoV-2 son numerosas las técnicas que se han desarrollado para el diagnóstico o seguimiento de la infección, tanto técnicas directas como serológicas. La elección de una buena herramienta diagnóstica es fundamental para el control epidemiológico. El objetivo ha sido comparar cinco técnicas comercializadas de RT-PCR a tiempo real, en sensibilidad, especificidad y concordancia para la detección del SARS-CoV-2.

    Material y métodos. Se compararon cinco kits comerciales de RT-PCR para la detección del SARS-CoV-2. Se tomaron ocho muestras positivas conocidas que se sometieron a siete diluciones o concentraciones diferentes y otras 135 muestras negativas para determinar valores de sensibilidad, especificidad y concordancia.

    Resultados. La sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo (VPP) y valor predictivo negativo (VPN) para las técnicas de Palex, Roche y GeneXpert respecto a Seegene fueron idénticas, correspondientes a 98,21%, 100%, 100% y 99,26% respectivamente. Para Becton Dickinson la sensibilidad fue del 89,28%, la especificidad del 100%, el VPP del 100% y el VPN del 95,74%. La concordancia mediante el índice Kappa para Palex, Roche y GeneXpert fue del 0,9892, mientras que la concordancia para Becton Dickinson fue con un índice Kappa de 0,9215.

    Conclusión. Todos los kits de RT-PCR comerciales presentaron elevadas sensibilidades y especificidades, así como VPP, VPN y concordancia.

  • English

    Introduction. Since the first cases of SARS-CoV-2 appeared, there have been numerous techniques that have been developed for the diagnosis or monitoring of infection, both direct and serological techniques. Choosing a good diagnostic tool is essential for epidemiological control. The objective was to compare five commercialized RT-PCR techniques in real time, in sensitivity, specificity and agreement for the detection of SARS-CoV-2.

    Material and methods. Five commercial RT-PCR kits for the detection of SARS-CoV-2 were compared. Eight known positive samples were taken and subjected to seven different dilutions or concentrations, and another 135 negative samples were used to determine sensitivity, specificity, and agreement values.

    Results. The sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) for the Palex, Roche and GeneXpert techniques with respect to Seegene were identical, corresponding to 98.21%, 100%, 100% and 99.26% respectively. For Becton Dickinson the sensitivity was 89.28%, the specificity of 100%, the PPV of 100% and the NPV of 95.74%. The agreement using the Kappa index for Palex, Roche and GeneXpert was 0.9892, while the agreement for Becton Dickinson was with a Kappa index of 0.9215.

    Conclusion. All commercial RT-PCR kits had high sensitivities and specificities, as well as PPV, NPV, and concordance.