El programa de Medicina Veterinaria y Zootecnia, ha evolucionado a la par con la Universidad de la Amazonía, sus orígenes se remontan a 1974, donde se comenzó a ofertar el programa de Tecnología Pecuaria en lo que en ese entonces se conocía como Instituto Tecnológico Universitario Surcolombiano (ITUSCO), en 1976 mediante la Ley 13 el instituto se transforma en Universidad Surcolombiana (USCO) y en 1977 el programa se transforma en Zootecnia, con la creación de la Universidad de la Amazonía en 1982 mediante la Ley 60 se continua con el mismo programa hasta 1995 cuando resultado de un estudio positivo de factibilidad y la presión laboral ejercida por el gremio de Médicos Veterinarios en el Caquetá se da la transformación de Zootecnia a Medicina Veterinaria y Zootecnia creado mediante Acuerdo CSU 050 del 15 de Diciembre de 1995, reconocido por el ICFES con código 111546360801800111100, el cual inició sus actividades en 1997, por lo que ya cuenta con 20 años de presencia y trayectoria en la formación de profesionales. El objetivo de la transformación del programa de Zootecnia a Medicina Veterinaria y Zootecnia, más que instruir a los Zootecnistas en formación, con algunos referentes clínicos en el manejo de los animales, se orientó a dar respuesta a las necesidades de la región.
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