En las últimas décadas, el mar menor está sufriendo un proceso de eutrofización que afecta directamente a su biodiversidad, tanto es así que en el pasado octubre de 2019 y el verano de 2021 ocurrieron muertes masivas de organismos marinos como consecuencia directa de este proceso. Esta eutrofización comenzó a ser preocupante en 2016, cuando el Bloom fitoplasmático conocido popularmente como sopa verde empezó a hacerse visible y a tornar el agua de un tono verdoso. Desde entonces la laguna ha experimentado extremos de naturaleza similar al del verano de 2021 que muestran que el ecosistema ha perdido su capacidad de autorregulación.
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