Resumen de Caracterización genómica del SARS-CoV-2, Norte de Santander-Colombia, 2020-2021

Heidy Nathalia Vargas Ibagon, Clara Zambrano

• español

  Introducción: la pandemia de COVID-19, ha conllevado a que los países diseñen e implementen estrategias de caracterización genómica, que permitan identificar rápidamente las variantes o linajes circulantes en cada región. Objetivo: aplicar la estrategia de caracterización genómica para detectar y monitorear la circulación de variantes, linajes y mutaciones del SARS-CoV-2 en el Norte de Santander, durante el periodo noviembre 2020 a marzo 2021. Metodología: siguiendo la metodología de la Organización Mundial de la Salud (OMS) para la secuenciación genómica, se seleccionaron 283 muestras de hisopado de secreción nasal, de pacientes con sintomatología COVID-19 con resultado positivo a la prueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR); priorizando 73, de acuerdo al protocolo de depuración implementado. Posteriormente, el Instituto Nacional de Salud (INS) realizó el análisis bioinformático a 3 muestras que reunieron todos los requisitos de volumen, transporte, identificación de las mismas y cumplimiento de los criterios establecidos. Seguidamente, se ejecutó el proceso de gestión, publicación e interpretación de los datos, por parte del INS en la página web, en infografías y retroalimentación a la entidad territorial con el informe técnico. Resultados: se logró identificar en una de las muestras la variante preocupante Alpha del linaje B.1.1.7, con las mutaciones N501Y y P681H. Conclusión: la estrategia de caracterización genómica del SARS-CoV-2 arrojó información importante y debe convertirse en un componente básico del sistema de vigilancia epidemiológica.Palabras clave: COVID-19, caracterización genómica, SARS-CoV-2 Colombia, PCR, migrantes.Recibido: 31/3/2022 Aceptado: 23/8/2022Publicado en línea: 05/05/2023

• English

  Introduction: the COVID-19 pandemic has led countries to design and implement genomic characterization strategies that allow the rapid identification of circulating variants or lineages in each region. Objective: to apply the genomic characterization strategy to detect and monitor the circulation of variants, lineages and mutations of SARS-CoV-2 in Norte de Santander, during the period November 2020 to March 2021. Methodology: Following the World Health Organization (WHO) methodology for genomic sequencing, 283 nasal secretion swab samples were selected from patients with COVID-19 symptoms with a positive Polymerase Chain Reaction test result. (PCR); prioritizing 73, according to the implemented debugging protocol. Subsequently, the National Institute of Health (INS) carried out the bioinformatic analysis of 3 samples that met all the requirements of volume, transport, identification of the same and compliance with the established criteria. Next, the data management, publication and interpretation process was carried out by the INS on the website, in infographics and feedback to the territorial entity with the technical report. Results: the worrisome Alpha variant of the B.1.1.7 lineage, with mutations N501Y and P681H, was identified in one of the samples. Conclusion: the SARS-CoV-2 genomic characterization strategy yielded important information and should become a basic component of the epidemiological surveillance system.