DNA extraction using minimally invasive samples in Xenarthra order Pilosa, a contribution to theirconservation

• Yuly Marcela Salazar Moscoso ^[1] ; Juliana Martínez Garro ^[1] ; Pablo Andrés Guzmán González ^[1] ; Tinka Plese ^[2]
  1. [1] Universidad CES

     Universidad CES

     Colombia

     
  2. [2] AIUNAU Foundation
• Localización: Actualidades Biológicas, ISSN-e 0304-3584, ISSN 2145-7166, Vol. 44, Nº. 116, 2022
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Extracción de ADN usando métodos mínimamente invasivos en Xenarthras orden Pilosa, una contribución a su conservació
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    Los Xenarthra son un grupo de mamíferos, de gran importancia histórica y ecológica, originados en Suramérica. La implementación de técnicas en genética molecular en estos animales está en aumento y para ello, losmétodos de muestreo mínimamente invasivos son una herramienta exitosa para el monitoreo genético. Enesta investigación se comparó la calidad y cantidad de ADN obtenido de sangre, tejidos, saliva, pelos y heces,usando dos kits comerciales: PrepFiler™ y GeneJET™. La concentración, pureza e integridad del ADN fueronevaluadas usando espectrofotometría y electroforesis. Se usó una ANOVA de dos factores mezclados y unaprueba de comparaciones múltiples de Tukey para comparar los diferentes métodos de extracción de ADN ya través de las diferentes muestras biológicas. El mayor rendimiento de ADN fue obtenido para las muestrasde tejido con el kit PrepFiler™, con una concentración media de 5,25 ng/μL, una pureza de 1,87 y una bandadefinida en la electroforesis. Sin embargo, no recomendamos el uso de estas muestras en animales vivos.El ADN obtenido de saliva con el kit PrepFiler™ ofreció resultados similares en términos de concentración(media 3,56 ng/μL), pureza de 1,85 e integridad; además, la prueba de comparación de Tukey mostró queno hay diferencias entre las muestras de saliva y sangre (p= 0,01028); la obtención de muestras de salivarequiere menos intervención en los animales. Por esta razón, se concluye que la extracción de ADN usandoel kit PrepFiler™ en muestras de saliva es la mejor opción para extracción de ADN de calidad en las especies estudiadas.

  • English

    Xenarthrans are a group of mammals of great historical and ecological importance originated in SouthAmerica. The implementation of molecular genetics techniques in these animals are on the rise with thepromise of expanding our knowledge. The minimally invasive sampling methods are a success tool forgenetic monitoring in conservation and we probe that could be used for future studies in xenarthrans.We compared the quality and quantity of DNA extracted from blood, tissue, saliva, feces, and hair usingtwo commercial extraction kits: PrepFiler™ and GeneJET™. DNA concentration, purity and integrity weredetermined using Spectrophotometry, and electrophoresis, respectively. A two‐factor mixed ANOVA andTukey Multiple Comparison Test were used to compare mean DNA concentrations between DNA extractionmethods and across biological sample types. The highest yields were of DNA obtained from tissue samplewith PrepFiler™ kit, with means in amount (5.25 ng/μL) and purity (1.87) higher than the other samples, and clear and integrated bands on the electrophoresis gel. However, we cannot recommend the use of this samplein live animals. The DNA obtained from saliva with the extraction kit PrepFiler™ offers similar results in termsof amount (mean 3.56 ng/μL), purity (1.85) and integrity of the DNA, and the Tukey comparison shown thanbetween saliva and blood does not exist significant differences (p= 0.1028), and the obtainment of salivasamples requires less intervention to the animal. For this reason, we concluded DNA extraction using thePrepFiler™in saliva samples is the best option for extracting high quality DNA in studied species.