Evaluation of BioFire Filmarray panel for respiratory pathogens: a demographic and clinical analysis in Istanbul, Turkey

• Duman , Nurcan ^[2] ; Sarınoğlu , Rabia Can ^[2] ; Nur Kuzan , Beyza ^[1] ; Mucahit Güncü , Mehmet ^[3] ; Aslan , Bülent ^[1] ; Çagatay Cimşit , Nuri ^[1] ; Karahasan , Ayşegül ^[2]
  1. [1] Marmara University

     Marmara University

     Turquía

     
  2. [2] Medical Microbiology Marmara University, School of Medicine, Pendik Training and Research Hospital, İstanbul, Turkey
  3. [3] Medical Microbiology Marmara University, School of Medicine, Pendik Training and Research Hospital, İstanbul, Turkey,Marmara University, Institute of Health Sciences, Department of Microbiology and Medical Microbiology, Istanbul, Turkey

  Mostrar afiliaciones +
• Localización: Infectio: Revista de la Asociación Colombiana de Infectología, ISSN-e 2422-3794, ISSN 0123-9392, Vol. 27, Nº. 2, 2023
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Evaluación del panel BioFire Filmarray para patógenos respiratorios: un análisis demográfico y clínico en Estambul, Turquía
• Enlaces
  • Texto completo
• Resumen
  • español

    Nuestro objetivo fue analizar la distribución de patógenos respiratorios (RP) detectados por un método basado en PCR multiplex (BioFire Diagnostics, EE. UU.) entre pacientes con sospecha de infecciones del tracto respiratorio (ITR) y evaluar las características demográficas, clínicas y radiológicas de los individuos infectados. Se detectaron RP en 1621/6376 (25,4%) de las muestras en los años 2018-2020. Los rinovirus/enterovirus (RV/EV) fueron los patógenos detectados con mayor frecuencia (38,1 %), seguidos de los virus de la influenza A y B (21 %) y el virus de la parainfluenza (PIV) (9,5 %). Se detectó un solo patógeno en 1361 (84%) y múltiples patógenos en 260 (16%) de 1621 muestras. Al menos una comorbilidad estaba presente en 379 (30,5%) de los pacientes. La fiebre fue el signo más frecuente seguido de tos y disnea. La TC de tórax estuvo presente en 426 de 1243 pacientes positivos para RP (34,3%). Cualquier hallazgo radiológico se encontró significativamente relacionado con un patógeno específico. No se administró medicación al 52,9%, mientras que al 35,7% se le administraron antibióticos y al 3,8% antivirales. El panel Film Array como una prueba de PCR multiplex no se usa racionalmente en nuestro hospital y los resultados no mejoraron drásticamente el manejo de las ITR. Se requiere una mejor comunicación entre el médico y el microbiólogo para el uso eficiente del laboratorio y el uso racional de los antimicrobianos.

  • English

    We aimed to analyze the distribution of respiratory pathogens(RP) detected by a multiplex PCR-based method (BioFire Diagnostics, USA) among patients with suspected respiratory tract infections (RTI) and to evaluate the demographic, clinical and radiological characteristics of infected individuals . RP were detected in 1621/6376 (25.4%) of the samples in the years 2018-2020. Rhinovirus/enterovirus (RV/EV) were the most commonly detected pathogens (38.1%) followed by influenza A and B viruses (21%) and parainfluenza virus (PIV) (9.5%). Single pathogen was detected in 1361 (84%) and multi pathogens in 260 (16%) of 1621 samples. At least one comorbidity was present in 379 (30.5%) of the patients. Fever was the most common sign followed by cough and dyspnea. Thorax CT was present in 426 of 1243 RP positive patients (34.3%). Any radiological findings was found significantly related for a specific pathogen. No medication was given to 52.9% whereas antibiotics in 35.7% and antivirals in 3.8% of the patients. Film Array panel as a multiplex PCR test is not used rationally in our hospital and results were not dramatically improve management of RTI. A better communication between clinician and microbiologist is required for efficient use of laboratory and rational use of antimicrobials.