Resumen de Estudio de la estructura y diversidad genética de ganado holstein del sistema familiar en México

Felipe de Jesús Ruiz López, José Cortes Hernández, José Luis Romano Muñoz, Fernando Villaseñor González, Adriana García Ruiz

• español

  El objetivo fue conocer la estructura poblacional de los animales Holstein del sistema de lechería familiar, identificar posibles orígenes del material genético, conocer el grado de consanguinidad e identificar posibles huellas de selección en el genoma, que permitan vislumbrar las características que se han mejorado a través de los años. El estudio incluyó 270 animales genotipados con el chip GGP-50K®. Después del control de calidad de genotipos, se incluyeron 43,548 SNP autosómicos. Para conocer la estructura poblacional se realizaron análisis de mezclas y componentes principales (CP). Para conocer la consanguinidad genómica y detectar huellas de selección, se usó información de corridas de homocigosidad (ROH). El análisis de mezclas se realizó con el software Admixture, y los de CP, ROH y consanguinidad se realizaron con SVS-v7.6.8. El análisis de mezclas mostró evidencia de seis componentes, todos ligados a familias de sementales Holstein con diferente país de origen. Los CP no evidenciaron estratificación de la población por hato. El coeficiente de consanguinidad promedio fue de 0.59 ± 0.53 %. En las regiones del genoma con ROH más frecuentes en la población (≥20 animales), se han reportado numerosas asociaciones, QTL y genes relacionados con producción y composición de la leche, parámetros de fertilidad, susceptibilidad a enfermedades, conformación corporal, eficiencia alimenticia y algunas características de composición de la canal. Los resultados reflejan la existencia de una amplia diversidad genética en esta población y la posibilidad de realizar trabajos de mejoramiento genético a través de selección sin afectar los niveles de consanguinidad.

• English

  The objective was to know the population structure of Holstein animals in the family dairy system, to identify possible origins of the genetic material, to know the degree of inbreeding and to identify possible traces of selection in the genome, which allow glimpses of the traits that have been improved over the years. The study included 270 animals genotyped with the GGP-50K® chip. After genotype quality control, 43,548 autosomal SNPs were included. To know the population structure, analyses of mixtures and principal components (PCs) were performed. To know genomic inbreeding and detect traces of selection, information on runs of homozygosity (ROH) was used. Mixture analysis was performed with the Admixture software, and PC, ROH and inbreeding analyses were performed with SVS-v7.6.8. Mixture analysis showed evidence of six components, all linked to Holstein bulls families with different country of origin. The PCs did not show stratification of the population by herd. The mean inbreeding coefficient was 0.59 ± 0.53 %. In the regions of the genome with ROHs most frequent in the population (≥20 animals), numerous associations, QTLs and genes related to milk production and composition, fertility parameters, susceptibility to diseases, body conformation, feed efficiency and some characteristics of carcass composition have been reported. The results reflect the existence of a wide genetic diversity in this population and the possibility of carrying out genetic improvement work through selection without affecting inbreeding levels.