Identificación de redes de genes relacionadas al gen F2 en la modulación de la trombogénesis arterial

• Urbano-Cano, Astrid Lorena ^[1] ; Álvarez-Rosero, Rosa Elvira ^[1] ; López-Garzón , Nelson Adolfo ^[1]
  1. [1] Universidad del Cauca

     Universidad del Cauca

     Colombia

     
• Localización: Revista médica Iatreia, ISSN-e 2011-7965, ISSN 0121-0793, Vol. 36, Nº. 2, 2023, 12 págs.
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Identification of Gene Networks Related to the F2 Gene in Arterial Thrombogenesis Modulation
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    Introducción: la trombogénesis arterial es un fenómeno dado por la disfunción endotelial, interacciones genéticas y la regulación transcripcional, que son claves para dilucidar la consecuencia clínica de la obstrucción isquémica de vasos sanguíneos. Dentro de los componentes moleculares que favorecen la trombogénesis se encuentran las variaciones c.1621 C>T/ p.R541W y G20210A relacionadas con el gen F2, sin embargo, su papel no está suficientemente claro, a pesar de que estudios evidencian que estas variaciones podrían suponer un riesgo para enfermedades cardiovasculares de origen aterosclerótico1,2,3,4.

    Objetivo: con recursos bioinformáticos, se identificaron los factores de transcripción que regulan la expresión del gen F2 y a su vez la interacción con redes de genes que participan en la modulación de la trombogénesis arterial.

    Métodos: para conocer los factores de transcripción del gen F2, se visitó la página www.genecards.org, que proporcionó información genocéntrica, también se presentó la búsqueda en (HNGC, Gene, Ensembl, OMIM, UniProtKB). Posteriormente se identificaron los sitios de unión de los factores de transcripción más relevantes del promotor del gen predicho. Se realizó un análisis integral mediante el uso de la red de interacciones (tipo coexpresión, interacciones físicas, interacciones genéticas, co-localización, entre otros), con el complemento Genemania.

    Resultados: se observó coexpresión de F2 y AHR, planteándose que AHR es estimulado directamente por señales citoplasmáticas y al ser activado regula la expresión génica en el núcleo celular, además estudios demuestran que AHR aparte de sus funciones de transcripción, media la degradación de proteínas a través del complejo ubiquitina-ligasa potenciando la trombosis 5,6.

    Conclusión: este estudio muestra por primera vez la red de coexpresión de AhR con F2 la cual puede estar asociada con el desarrollo de aterosclerosis, fenómeno que podría ayudar al clínico a elucidar la causa de la trombogénesis arterial.

  • English

    Introduction: Arterial thrombogenesis is a phenomenon caused by endothelial dysfunction, genetic interactions, and transcriptional regulation, which are essential to understanding the clinical consequences of ischemic vessel obstruction. Among the molecular components that promote thrombogenesis are the c.1621 C>T/p.R541W and G20210A variations related to the F2 gene. However, their role is not yet fully understood, despite studies suggesting that these variations could pose a risk for atherosclerotic cardiovascular diseases.

    Objective: Using bioinformatics resources, we aimed to identify the transcription factors that regulate the expression of the F2 gene and their interaction with gene networks involved in arterial thrombogenesis modulation.

    Methods: To identify the transcription factors of the F2 gene, we visited the www.genecards.org website, which provided genocentric information, and we conducted a search on various databases (HNGC, Gene, Ensembl, OMIM, UniProtKB). Subsequently, we identified the binding sites of the most relevant transcription factors in the predicted gene promoter. An integrated analysis was performed using a gene interaction network (co-expression, physical interactions, genetic interactions, co-localization, etc.) with the Genemania plugin.

    Results: We observed co-expression of F2 and AHR, suggesting that AHR is directly stimulated by cytoplasmic signals, and when activated, it regulates gene expression in the cell nucleus. Furthermore, studies demonstrate that apart from its transcriptional functions, AHR mediates protein degradation through the ubiquitin-ligase complex, enhancing thrombosis.

    Conclusion: This study presents, for the first time, the co-expression network of AhR with F2, which may be associated with atherosclerosis development. This finding could assist clinicians in understanding the cause of arterial thrombogenesis.