Medicina de precisión en oncohematología: integración de las técnicas citogenómicas, moleculares y secuenciación de próxima generación en el diagnóstico clínico. Reporte de caso en el laboratorio LIME

• Murillo-Ramos, Enderson ^[1] ; Afanador-Ayala, Carlos Humberto ^[1] ; García-Correa, Juan Feliple ^[1] ; Cristancho-Salgado, Claudia Marcela ^[1] ; Ramírez -Gaviria, Gloria Cecilia ^[1] ; Muñetón-Peña, Carlos Mario ^[1] ; García -Ospina, Gloria Patricia ^[1] ; Vásquez -Palacio, Gonzalo de Jesús ^[1] ; Palacio-Rúa, Katherine Andrea ^[1]
  1. [1] Universidad de Antioquia

     Universidad de Antioquia

     Colombia

     
• Localización: Revista médica Iatreia, ISSN-e 2011-7965, ISSN 0121-0793, Vol. 36, Nº. 2, 2023, 22 págs.
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Precision Medicine in Oncohematology: Integration of Cytogenomic, Molecular, and Next-Generation Sequencing Techniques in Clinical Diagnosis. A Case Report at the LIME Laboratory
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    Introducción: el diagnóstico de neoplasias hematológicas se realiza tradicionalmente mediante técnicas de biología molecular, citometría y técnicas citogenómicas. La integración de la secuenciación de nueva generación (NGS) es fundamental para complementar el diagnóstico, estimar pronóstico, definir conducta médica e identificar nuevos biomarcadores.Objetivo: demostrar la importancia de la integración de pruebas de NGS, citogenómicas y moleculares en el diagnóstico y pronostico de neoplasias hematológicas.Metodología: se realizaron estudios citogenómicas, PCR, secuenciación Sanger y NGS con el panel TruSight RNA Pan-cáncer a dos pacientes atendidos en LIME.Resultados: caso 1. Paciente de 83 años con sospecha de LMA secundaria a tratamiento. Los resultados de las pruebas moleculares para los genes MLP, JACK2E12, CALR, TP53 y BCR/ABL-P190 fueron negativos, cariotipocomplejo (Monosomía 7 y trisomía 21) y análisis por NGS con detección de tres variantes patogénicas/probablemente patogénicas (IDH2, PTPN11 y RUNX1) asociadas con pronóstico adverso.Caso 2. Paciente de 80 años con sospecha de LMMC. Los resultados de las pruebas moleculares fueron negativos, cariotipo normal y análisis por NGS con detección de dos variantes patogénicas/probablemente patogénicas(RUNX1 y CSF3R) asociadas con pronóstico adverso. Se encontró nueva mutación en el gen CEBPA(NM_004364.5):c.1070_1071insTGCCGG.Conclusiones: mediante la implementación de la secuenciación NGS, se logró la detección de variantes patológicas que no fueron detectadas por métodos clásicos de biología molecular y citogenómica. Además, se pudo estimar pronóstico e identificar una nueva variante en CEBPA. Estos resultados, resaltan la necesidad de integrar las pruebas de NGS en los casos donde las metodologías clásicas sean insuficientes.

  • English

    Introduction: The diagnosis of hematologic neoplasms is traditionally carried out using molecular biology, flow cytometry, and cytogenomic techniques. The integration of next-generation sequencing (NGS) is crucial to complement diagnosis, estimate prognosis, define medical management, and identify new biomarkers.

    Objective: To demonstrate the importance of integrating NGS, cytogenomic, and molecular tests in the diagnosis and prognosis of hematologic neoplasms.

    Methodology: Cytogenomic studies, PCR, Sanger sequencing, and NGS using the TruSight RNA Pan-Cancer panel were conducted on two patients seen at LIME.

    Results: Case 1: An 83-year-old patient suspected of secondary acute myeloid leukemia (AML) due to treatment. Molecular test results for the genes MLP, JAK2E12, CALR, TP53, and BCR/ABL-P190 were negative. Cytogenetics showed a complex karyotype (monosomy 7 and trisomy 21). NGS analysis detected three pathogenic/probably pathogenic variants (IDH2, PTPN11, and RUNX1) associated with an adverse prognosis.

    Case 2: An 80-year-old patient suspected of chronic myelomonocytic leukemia (CMML). Molecular test results were negative. Cytogenetics showed a normal karyotype. NGS analysis identified two pathogenic/probably pathogenic variants (RUNX1 and CSF3R) associated with an adverse prognosis. A novel mutation was found in the CEBPA gene (NM_004364.5): c.1070_1071insTGCCGG.

    Conclusions: Through the implementation of NGS, pathogenic variants were detected that were not identified by classical molecular and cytogenomic methods. Additionally, prognosis was estimated, and a new variant in CEBPA was identified. These results underscore the need to integrate NGS tests in cases where classical methodologies are insufficient.