Herramienta para la estructuración de datos de neurociencias bajo la especificación BIDS

• Autores: José Carlos Mendoza Sosa, Arturo Orellana García, Eduardo Aubert Vázquez
• Localización: Revista Cubana de Ciencias Informáticas, ISSN-e 2227-1899, Vol. 17, Nº. 4, 2023
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • A tool for the structuring of neuroscience data under the BIDS specification
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    Los neurodatos son información relativa a la actividad cerebral obtenida mediante el empleo de neurotecnologías. En el Centro de Neurociencias de Cuba, dos de los datos más comunes son generados por los equipos de Imagen por Resonancia Magnética (MRI) y el Electroencefalograma (EEG). Estos datos son heterogéneos y generan información en varios formatos diferentes, esto provoca que el intercambio de información se dificulte y se retrasen en ocasiones los resultados que podrían obtenerse de estudios científicos. Brain Imaging Data Structure (BIDS) es un estándar reciente para abordar este problema, sin embargo, existe información que está fuera del estándar BIDS y se utilizan herramientas, denominadas convertidores, para estandarizar las bases de datos que no siguen las normativas de BIDS. El objetivo del trabajo es presentar una herramienta para la estandarización y estructuración de neurodatos de MRI y EEG, que permita solucionar las dificultades internacionales de propuestas previas. Para ello se realiza un análisis de los convertidores y algoritmos que se emplean para este fin, con el objetivo de resumir sus características principales, buenas prácticas y elementos de interés a tener presente en la actual investigación. Se emplea el método análisis-síntesis para comprender los elementos que componen los convertidores, las funciones que cumplen y su importancia. Como resultado se obtuvo una herramienta para convertir bases de datos de neurociencias de Resonancia Magnética y Electroencefalogramas a la especificación BIDS. Es posible convertir múltiples datos con la propuesta desarrollada, una característica que otros convertidores no tienen, además propicia integrar información valiosa para el almacenamiento y análisis de los datos.

  • English

    Neurodata are information related to brain activity obtained through the use of neurotechnologies. At the Cuban Neuroscience Center, two of the most common data are generated by Magnetic Resonance Imaging (MRI) and Electroencephalogram (EEG) equipment. These data are heterogeneous and generate information in several different formats, which makes the exchange of information difficult and sometimes delays the results that could be obtained from scientific studies. Brain Imaging Data Structure (BIDS) is a recent standard to address this problem, however, there is information that is outside the BIDS standard and tools, called converters, are used to standardize databases that do not follow BIDS standards. The aim of this research is to present a tool for the standardization and structuring of MRI and EEG neurodata, which allows solving the international difficulties of previous proposals. To this end, an analysis of the converters and algorithms used for this purpose is carried out, with the aim of summarizing their main characteristics, good practices and elements of interest to be taken into account in the current research. The analysis-synthesis method is used to understand the elements that make up the converters, the functions they perform and their importance. As a result, A tool for converting MRI and EEG neuroscience databases to the BIDS specification was developed. It is possible to convert multiple data with the developed proposal, a feature that other converters do not have, in addition to integrating valuable information for data storage and analysis.