INTRODUCCIÓN. El complejo principal de histocompatibilidad ha sido estudiado como un grupo de moléculas que se utilizan para la compatibilidad de órganos en el caso de los trasplantes. Pertenece a la superfamilia de las inmunoglobulinas y sus genes se ubican en el cromosoma 6 y es uno de los más polimórficos del genoma. MATERIALES Y MÉTODOS. 104 individuos sanos no relacionados pertenecientes a la etnia Mapuche fueron tipados para HLA clase I y clase II por PCR-SSO-Luminex y secuenciación automática ABI PRISM 3700ABI PRISM 3730. Se compararon con datos de varias poblaciones del mundo, basado en las distancias genéticas con análisis de correspondencia y dendogramas, con los programas ARLEQUIN v2.0. Los árboles filogenéticos (dendogramas) se construyeron con las frecuencias alélicas utilizando el método del Neighbour-Joining (NJ), con distancias genéticas (DA), con el programa DISPAN que comprende. DISCUSIÓN. Los Mapuches que han sufrido un gran mestizaje pero conservan características de poblaciones aisladas y se muestran cercanas a los Uros, Lamas, Wayu y Tarahumaras. En esta población solo se detectaron 20 alelos HLA-A y 31 alelos HLA-B diferentes. Los dendogramas Neighbour-Joining y los análisis de correspondencia de DRB1 correlacionan a los Mapuches junto con poblaciones Amerindias como Tarahumaras, Uros, Wayu, Quechuas, Arhuacos, Lamas, Toba del Este, Toba Pilaga, Aymarás y Terena. En lo que se refiere a las distancias genéticas, los Uros, Wayu, Tarahumaras, Quechuas y Aymarás son las poblaciones que se encuentran más cercanas a los Mapuches. Esta población ha tenido contacto con gente Europea, porque se observa que existen alelos y un haplotipo extendido compartido con caucásicos. Los resultados de la tipificación de los genes HLA en la población Mapuche, confirma que ellos pertenecen al perfil genético HLA Amerindio. Existe una relación de los Mapuches con algunas poblaciones Europeas, Orientales y Árabes cuando se hace un análisis de los alelos HLA-A, -B, -DRB1 y -DQB1. El alelo HLA-DRB1 03 se ha encontrado en esta población Mapuche, reconocido alelo asociado con diabetes en Caucásicos debido al mestizaje. Es imprescindible definir el perfil HLA de los Mapuches y de los Amerindios, para poder establecer programas de trasplantes y definir programas preventivos y epidemiológicos para enfermedades ligadas a HLA. CONCLUSIONES. Los Mapuches se hallan relacionados con las etnias como los Uros, los Wayu y los Quechuas. Esta población está dentro del conjunto de poblaciones Amerindias y aparecen separadas del resto de los grupos étnicos del Mundo. No hay correlación entre la genética HLA, la lingüística y la geografía en esta población. Los haplotipos extendidos en los Mapuches se ubican dentro del Amerindio.
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