The zebra mussel and the Asian clam are two invasive aquatic species worldwide. Both species are present in the Iberian Peninsula for several years. However, introduction history and colonization routes of these two invasive species in the Iberian Peninsula remain mainly unknown. We have developed new molecular markers for each species to be used in population genetics studies. Then, we characterized the genetic structure of the Iberian populations in order to infer their possible colonization routes. Our results show how the zebra mussel invasion into the Iberian Peninsula involves a single invasion episode with a separate colonization history than the rest of Europe. In Asian clam, our results revealed that at least two colonization episodes have occurred in the Iberian Peninsula. Finally, we have developed a genetic method based on environmental DNA for dreissenid larvae detection in waterbody samples, increasing the sensibility of the routinely zebra mussel larvae detection methods El mejillón cebra y la almeja asiática son dos especies acuáticas invasoras, presentes en la Península Ibérica desde hace muchos años. Sin embargo, no se conocen de manera cierta ni la historia de su invasión ni sus rutas de colonización. Desarrollamos nuevos marcadores moleculares para usarlos en estudios de genética de poblaciones. Seguidamente, caracterizamos la estructura genética de las poblaciones ibéricas para inferir posibles rutas de invasión. Nuestros resultados muestran que la invasión del mejillón cebra en la Península Ibérica se basa en un único y reciente episodio de invasión, diferente al resto de Europa. Respecto a la almeja asiática, nuestros resultados mostraron que ha habido al menos dos episodios de colonización en la Península Ibérica. Finalmente, desarrollamos un método genético basado en DNA ambiental para detectar larvas de especies de dreissenidos en masas de agua, incrementando la sensibilidad de los métodos rudimentarios de detección de larvas de mejillón cebra
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