Improving the accuracy and the efficiency of multiple sequence alignment methods

• Autores: Carsten Kemena
• Directores de la Tesis: Cedric Notredame (dir. tes.)
• Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2012
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Daniel Gautheret (presid.), Xavier Messeguer Peypoch (secret.), Julie Ferlat (voc.)
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Biología molecular
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en:  TDX  e-Repositori UPF 
• Resumen

  • El alineamiento es uno de los métodos básicos en la comparación de secuencias biológicas, y a menudo el primer paso en análisis posteriores. Por su posición privilegiada al principio de muchos estudios, la calidad del alineamiento es de gran importancia, de hecho cada resultado basado en un alineamiento depende en gran medida de la calidad de éste. Este hecho se ha confirmado en diversos artículos recientes, en los cuales se ha investigado los efectos de la elección del método de alineamiento en la reconstrucción filogenética y la estimación de la selección positiva. En esta tesis, presento varios proyectos enfocados en la implementación de mejoras tanto en los métodos de alineamiento múltiple de secuencias como en la evaluación de estos. Concretamente, he tratado problemas como la evaluación de alineamientos estructurales de proteínas, la construcción de alineamientos estructurales y precisos de ARN y también el alineamiento de grandes conjuntos de secuencias.