Integrative study of gene expression and protein complexes
- Autores: Kiana Toufighi
- Directores de la Tesis: Ben Lehner (codir. tes.), Luis Serrano Pubull (codir. tes.)
- Lectura: En la Universitat Pompeu Fabra ( España ) en 2014
- Idioma: español
- Tribunal Calificador de la Tesis: Bill Keyes (presid.), Núria López Bigas (secret.), Pedro Beltrao (voc.)
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: TDX
- Resumen
En las últimas décadas, la emergente vista integrativa de la célula ha triunfado sobre el paradigma histórico: `un gene/una proteína/una función¿. Esto es ilustrado por los efectos biológicos opuestos de proteínas regulatorias clave en cultivos celulares inmortalizados frente a primarios e in vitro frente a in vivo. El tema persistente en este disertación es la integración de un amplio set de datos para estudiar los distintos contextos celulares. En primer lugar, utilizamos los datos de expresión génica obtenidos de células madre epidérmicas para descubrir las ondas de transcripción expresadas en sintonía con los genes conocidos de los ritmos circadianos. En este estudio demostramos que las respuestas de las células madres a las señales de proliferación/diferenciación dependen de hora del día y el tiempo circadiano es importante para la homeostasis de la piel. Posteriormente, combinamos estos datos de expresión con la información estructural de proteínas y complejos proteicos para describir la regulación temporal de complejos durante el proceso de diferenciación. Por último, mostramos que los complejos de proteínas humanos están compuestos de un `núcleo¿ estable y una 'periferia' plástica cuya expresión específica de tejido celular permite que los complejos de proteínas funcionen de una manera dependiente del contexto.
Esta tesis abarca varios estudios con el tema general de cómo el análisis computacional de espacio-temporal de la expresión génica ofrece información sobre el funcionamiento modulares de la célula en diversos contextos. Es el objetivo de esta tesis doctoral para unificar y presentar las conclusiones de tres manuscritos separados en tres capítulos distintos. He intentado proporcionar la necesaria introducción para los tres estudios en el primer capítulo. Los siguientes tres capítulos se pueden leer de forma independiente, ya que se han publicado o están en proceso de ser presentado para su publicación como artículos científicos. Finalmente, en los dos últimos capítulos cortos, una visión general de los resultados, un resumen, y observaciones finales han presentados.
