Se ha realizado el análisis geomorfológico del sector nororiental de la Cuenca del Duero, enfocado a definir la evolución geomorfológica en la Sierra de Atapuerca y el valle medio del río Arlanzón, para relacionar la evolución del relieve con el desarrollo del sistema endokárstico de esta Sierra donde se localizan los yacimientos arqueopaleontológicos pleistocenos. En el estudio geomorfológico se han tratado las principales unidades morfológicas de la región, como son las superficies de erosión intraterciarias, las superficies poligénicas de los páramos y sus implicaciones en la conexión Duero-Bureba, la descripción de las morfologías exokársticas, y el análisis morfológico de los valles fluviales. Por medio de las cartografías elaboradas (cartografías geomorfológicas 1:10.000 y 1:25:000) y la construcción de un MDE (10 metros de resolución), se ha acometido la reconstrucción de los paleo-relieves neógenos y cuaternarios a partir de la restitución estadística de las morfologías relictas o paleosuperficies, utilizando SIG. Gracias a las reconstrucciones se han establecido nuevas relaciones de la evolución geomorfológica con la formación y desarrollo de los yacimientos, y a su vez ha permitido elaborar un método de análisis cuantitativo de paleopaisajes, basado en la clasificación orográfica y litológica del territorio, que aplicado a los relieves reconstruidos ha permitido obtener la evolución del mosaico del paisaje durante el Neógeno y el Cuaternario. Este análisis evolutivo del paisaje se ha medido en función de la variación de las variables topográficas, en función de la evolución espacial de las unidades físicas del territorio y en función de los índices métricos del paisaje de uso más frecuentes en Ecologías del Paisaje, relacionando estos atributos del paisaje con la formación de los yacimientos.
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