Además, los aislamientos por serotipos e y f, muestran elevadas tasas de resistencia, sobre todo a ampilicina y cotrimoxazol y de resistencia múltiple. El estudio de la epidemiología molecular de los serotipos e y f demuestra la diseminación de una clona muy predominante de cada uno de los dos serotipos independientemente del origen clínico y geográfico o de la resistencia a los antibióticos de las cepas. En España, la mayoría de casos pediátricos de fallos vacunales de la vacuna conjugada contra Hib son consecuencia de la incapacidad del huésped para desarrollar anticuerpos protectores y no de las aparición de nuevos genotipos del microorganismo que escapan a la acción de la vacuna. Igualmente en el Reino Unido, el importante y rápido incremento de los fallos vacunales, se debe a los mismos genotipos circulantes antes de la implantación generalizada de la vacuna. Dicha vacunación no parece haber modificación la estructura poblacional de Hib. La resistencia a trimetoprima en cepas de Haemophilus influenzae españolas es de naturaleza cromosómica y se debe al gen folA. La resistencia a amplicina, a cloramfenicol, a tetraciclina y sulfametoxazol es de naturaleza plasmídica y se debe a los genes temI, catII, tetB y sul2, respectivamente, independientemente de su origen clínico, procedencia geográfica y producción o no de cápsula.
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