Los tumors fibroepiteliales (TFs) de la mama son un grupo heterogéneo de lesiones que comprenden desde fibroadenomas (FAD) hasta tumores phyllodes (TP) (benignos, borderline, malignos). Un conocimiento más extenso de sus características moleculares y clasificación molecular podría aportar información útil desde un punto de vista clínico. En este trabajo, analizamos la expresión de 105 genes relacionados con cáncer de mama, incluyendo los 50 genes del predictor PAM50, y 12 genes del predictor Claudin-low, en una muestra de 75 TFs (34 FADs, 5 FADs juveniles, 20 TPs benignos, 5 TPs borderline y 11 TPs malignos) con seguimiento clínico. Además, comparamos la expresión génica de los TFs con 14 muestras de tejido normal de mama y 49 muestras de pacientes con cáncer de mama invasivo. Nuestros resultados revelan que los niveles de expresión de los genes relacionados con cáncer de mama puede clasificar los diferentes grupos de TFs, cuando se comparan con el tejido normal de mama y el cáncer de mama invasivo (tasa de falso descubrimiento < 5%). Entre los TFs, los niveles de expresión de los genes proliferativos (por ejemplo CCNB1 y MKI67) y los genes relacionados con la transición epitelio-mesénquima (por ejemplo CLDN3 y EPCAM) son los más discriminativos. Como era de esperar los FADs mostraron los niveles más altos de genes relacionados con el epitelio y los niveles más bajos de genes relacionados con la proliferación, mientras que los TPs malignos mostraron un patrón opuesto. Interesantemente, las características génicas globales de los TPs benignos son más similares a los FADs y al tejido normal que al resto de los TPs incluyendo los FADs juveniles. Cuando se incluyeron los tumores invasivos y el tejido normal de mama, la mayoría de los FADs, FADs juveniles, TPs benignos y TPs borderline fueron identificados como normal-like por los subtipos intrínsecos, mientras que 7 (63,6%) y 3 (27,3%) de los TPs malignos fueron identificados como claudin-low y basal-like, respectivamente. Finalmente, observamos que el riesgo de recurrencia (ROR) proporcionado por la firma PAM50 predice mejor la evolución clínica en los TFs que la clasificación morfológica, también cuando sólo tenemos en cuenta los TPs. Nuestros resultados sugieren que la clasificación de los TFs utilizando los datos de expresión génica es posible y puede proporcionar información biológica y pronóstica clínicamente importante.
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