Actualmente se propone que la formación del complejo y transferencia de electrones entre FNR y flavodoxina implica residuos positivos sobre la superficie de la FNR y negativos sobre la flavodoxina y que a su vez, residuos también de naturaleza positiva de la FNR interaccionaran con los fosfatos del piridin nucleótido. Por esta razón, se han estudiado por modificación química residuos de arg y lys de la FNR de Anabaena y asp y glu sobre la flavodoxina del mismo organismo. Los resultados obtenidos indican que los residuos asp 123, asp 126, asp 144 y asp 146, situados en la superficie de la flavodoxina de Anabaena se encuentran directamente implicados en el proceso de unión de esta proteína a la FNR del mismo organismo, en la que, a su vez, se han identificado por un lado una serie de residuos (arg 77, lys 53 y lys 294), que se acoplarían a los anteriores o a otros restos negativos de la flavodoxina y de otro, otros tres (arg 224, arg 233 y lys 227) implicados en interacción con nadph.
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