Resumen de BlaSTorP: herramienta NCBI-BLAST a nivel local
- español
Tesis dirigida por Juan López Barea y José Alhama Carmona. Se ha desarrollado una nueva herramienta bioinformática con el fin de resolver los problemas que el investigador novel en proteómica y bioinformática tiene a la hora de llevar a cabo la identificación masiva de secuencias peptídicas provenientes de secuenciación ¿de novo¿ mediante espectrometría de masas en las bases de datos más comúnmente utilizadas por los investigadores en Internet. Estas bases de datos son muy complejas y contienen demasiada información que no siempre se usa en su totalidad. Por ejemplo, la página web de uniprot ofrece información muy extensa sobre la proteína que estemos buscando en varios subapartados: nombres y orígenes, atributos de la proteína, comentarios de la anotación, ontología, anotaciones sobre la secuencia, secuencia en formato fasta y propiedades como longitud y masa teóricas, referencias cruzadas, referencias bibliográficas, etc. La creación de este programa constituye una herramienta eficaz para la realización de este trabajo y ayuda a ahorrar tiempo en la identificación y búsqueda de las funciones más comunes de las proteínas que estemos tratando de identificar, además de resultar una herramienta sencilla y disponible por la web en el caso de montar un servidor público o bien de forma local.
- English
A new bioinformatics tool has been developed to help the new researchers in proteomics and bioinformatics to carry out the identification of sequences obtained by "de novo" sequencing using the most common mass spectrometry databases. Databases are very complex and contain too much information that is not always enterely used. Thus, UniProt offers extensive information about proteins divided into several subsections: names and origins, attributes of the protein, commentaries, ontology, annotations on the sequence, sequence in fasta format and theoretical properties like length and mass, cross references, bibliographic references, etc. This new program is an effective tool for carrying out this work, saving time in protein identifications and recruiting the most common functions of the proteins we are trying to identify, as well as being a simple tool.
