Genómica, evolución y redes de regulación del plásmido r388

• Autores: Raúl Fernández López
• Directores de la Tesis: Fernando de la Cruz (dir. tes.)
• Lectura: En la Universidad de Cantabria ( España ) en 2007
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Andrés Moya Simarro (presid.), Luis Antonio Vielva Martínez (secret.), Víctor de Lorenzo Prieto (voc.), Alejandro Mira Obrador (voc.), Juan Fernando Poyatos Adeva (voc.)
• Materias:
  • Ciencias de la vida
    • Genética
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• Resumen

  • Los plásmidos conjugativos son uno de los elementos fundamentales en la transferencia genética horizontal entre bacterias gram-negativas. Gracias a este proceso, genes que confiere ventajas adaptativas pueden distribuirse rápidamente entre las poblaciones bacterianas, tal es el caso de la resistencia a antibióticos. R388 es el plásmido conjugativo natural más pequeño caracterizado hasta la fecha y constituye un modelo experimental de referencia en el estudio de la conjugación bacteriana. El objetivo del presente proyecto es estudiar a tres niveles la arquitectura genómica de este plásmido:

    1,- Genómica, estudiando su organización genética y los elementos conservados entre plásmidos de su misma familia y de otras familias estudiadas.

    2,- Evolución. Determinando cuáles son las características fundamentales de la evolución en genomas plasmídicos.

    3,- Regulación. Estudiar la presencia de redes de regulación propia y su interacción con el genóma hospedador.

    La hipótesis de partida de este proyecto es que los plásmidos conjugativos constituyen genomas organizados, que poseen una arquitectura, una evolución y unas redes de regulación que le son características, y que, aunque fuertemente dependientes del genóma hospedador, tienen una gran autonomía.

    La metodología a emplear para bordar el presente proyecto se engloba en dos tipos de técnicas distintas:

    1,- Técnicas de biología molecular: secuenciación del genoma, clonación de promotores y de proteínas reguladoras. Determinación del as unidades transcripcinales del plásmido. Obtención de perfiles de expresión mediante fusiones con GFP y el sistema LUX. Determinación de niveles de actividad de promotores mediante PCR cuantitativa. Determinación del efecto de genes reguladores.

    2,- Técnicas bioinformáticas: anotación y análisis de la secuencia. Elaboración de árboles filogenéticos. Análisis de los módulos básicos de regulación den el